Estudià enginyeria a la Universitat del Caire, on es graduà en metal·lúrgia l’any 1978. Posteriorment amplià estudis a la University of Southern California, on es doctorà el 1982 i on fou professor assistent fins el 1985, any que retornà a Egipte i fou professor a la Universitat d’Al-Zaqāzīq fins l’any 2010.
L’any 1977 ingressà als Germans Musulmans, dins dels quals ascendí fins a formar part dels quadres dirigents des del seu retorn a Egipte. Atès l’estatut il·legal d’aquesta organització, concorregué com a independent en les eleccions al Parlament egipci i fou diputat en el període 2000-05. Durant els anys de govern de Ḥusnī Mubārak (1981-2011), a causa de les seves iniciatives contra el règim patí empresonaments reiterats.
Després de la rebel·lió popular de la Primavera Àrab que portà a la caiguda de Mubārak i el seu govern (febrer del 2011), fou un dels principals fundadors del Partit de la Llibertat i la Justícia, afí als Germans Musulmans, del qual esdevingué president. Dimití aquest càrrec en ser elegit president d’Egipte en les primeres eleccions no tutelades celebrades el juny del 2012. Investit el dia 30 d’aquest mateix mes, després de la celebració al mes següent d’eleccions parlamentàries encarregà a l’independent Hišām Qandīl la formació de govern. L’elaboració d’una nova constitució de fort accent islamista anà acompanyada de forts enfrontaments de Mursī amb l’estament judicial, que l’acusà d’ampliar els poders presidencials de manera abusiva. De manera menys oberta, Mursī perdé el suport de l’exèrcit en prohibir-ne la participació en el nou text.
L’aprovació en referèndum de la nova constitució al desembre comportà una nova onada de revoltes, que s’allargaren els mesos següents. Després de la dimissió de diversos ministres disconformes amb el president, i de la seva negativa a pactar amb l’oposició, l’exèrcit (amb el seu ministre de Defensa Abd al-Fatà al-Sissí al capdavant, deposà Mursī el juliol del 2013 i instaurà un règim controlat pels militars encapçalats per Al-Sissí Empresonat, a Mursī li foren incoats quatre processos judicials: incitació a la violència i a l’assassinat en les protestes del 2012, quan ocupava la presidència; conspiració per a aconseguir la fuga de detinguts en les protestes del 2011; col·laboració amb grups terroristes com Hamàs i Ḥizb Allāh i filtració de secrets d’estat a la premsa estrangera. El maig del 2015 el veredicte de dos tribunals el condemnà per al primer i el segon dels càrrecs a cadena perpètua i a la pena de mort, respectivament. El novembre del 2016 el tribunal de cassació anul·là ambdues sentències. Tanmateix, continuà empresonat per dues condemnes a 40 i 20 anys, respectivament, per les dues altres causes. Sotmès a un captiveri de gran duresa, morí en el transcurs d’un dels judicis, en el qual se l’acusava d’haver espiat per a Hamàs.