Hi ha una col·lecció de les comarques gironines, del Paleolític a l’edat del ferro, de diversos jaciments ibèrics, d’Empúries anterior a les excavacions començades el 1907, i materials iberoromans de la ciutat de Girona i romans i visigòtics de la comarca. Fou remodelat el 1981, i la secció d’art que comprenia fou instal·lada al nou Museu d’Art de Girona. El 1990 quedà integrat al Museu d’Arqueologia de Catalunya.