És dedicat a la divulgació, la conservació i la recerca sobre l’exili, especialment el que tingué lloc en acabar la Guerra Civil Espanyola, però també centra l’atenció en els grans desplaçaments forçosos, la persecució i l’expulsió de persones dels seus llocs d’origen des de la Segona Guerra Mundial ençà, amb atenció a fenòmens actuals com el dels refugiats. Manté relacions amb altres entitats de finalitats similars, sobretot amb les institucions franceses i alemanyes més vinculades amb l’exili republicà del 1939, l’ocupació nazi durant la Segona Guerra Mundial, la lluita contra el feixisme i la deportació als camps de concentració i extermini. Entorn del museu, i per mitjà del seu Centre de Recerca, es generen projectes d’investigació i exposicions temporals sobre els exilis dels segles XX i XXI.
Ocupa un edifici de nova planta de 1.612,08 m2 distribuïts en tres plantes, projectat pels arquitectes Rafael Cáceres i Philippe Pous. El 2012 establí conjuntament amb la Universitat de Girona la Càtedra Walter Benjamin, que, amb seus a la Jonquera, Girona i Portbou es constitueix com a espai permanent d’estudi, reflexió, investigació i difusió de temes relacionats amb aquest intel·lectual, la memòria i l’exili. Ha rebut el premi de l’Associació Catalana de Crítics d’Art (ACCA) a la millor iniciativa patrimonial (2011) i el premi Liberpress (2012). Han estat directors els historiadors Jordi Font (2008-19), Alfons Quera (2019-21) i Enric Pujol (des del 2021).
El procés de construcció i constitució del museu s’inicià el 2000 i el projecte fou promogut per l’Ajuntament de la Jonquera, amb el suport de la Generalitat de Catalunya, la Unió Europea i la Diputació de Girona. Des del 2009 la gestió del museu és encomanada a un consorci format per l’Ajuntament de la Jonquera, la Generalitat de Catalunya, el Consell Comarcal de l’Alt Empordà i la Universitat de Girona. Forma part de la Xarxa d’Espais de Memòria Democràtica de Catalunya.