Creat el 1932, no fou fins el 1990 que, integrat dins del Museu d’Arqueologia de Catalunya, rebé un impuls decisiu amb la represa de les excavacions arqueològiques. El 1992 hom inaugurà la remodelació del museu. Es conserven alguns dels objectes descoberts durant les excavacions i la sala monogràfica de l’Esculapi d’Empúries. L’any 2008 se celebrà el centenari de l’acte de recuperació institucional i l’inici de les excavacions oficials a Empúries, que es commemorà amb gran solemnitat i transcendència, sobretot perquè comportà el retorn de l’estàtua del déu grec de la Medicina, Asclepi (coneguda popularment com l’Esculapi), noranta-nou anys després de ser extreta de la zona dels temples de la neàpolis d’Empòrion. Amb el retorn, aquest mateix any s’inaugurà la nova sala en la qual s’exposa aquesta escultura, considerada com la millor de l’art grec hel·lenístic a la Mediterrània occidental. La celebració del centenari serví per a donar un nou impuls al conjunt monumental i es dugué a terme la restauració i l’adequació museogràfica del fòrum romà, alhora que s’impulsà la creació dels nous magatzems arqueològics i d’un nou centre de visitants.