La tradició clàssica atribuïa la fundació de Sagunt als grecs de Zacint, una illa de la mar Jònica al NW del Peloponès. Livi i Sili Itàlic, que accepten aquesta versió, diuen que també s’hi barrejaren altres grecs procedents de la ciutat d’Ardea, i aquest darrer precisa que es tracta de l’Ardea de Daunia (Apúlia, Magna Grècia). La majoria dels investigadors moderns són força escèptics davant aquesta tradició, tardana, d’èpoques hel·lenística i romana, i molts han suposat que fou inventada per la semblança dels noms (Zákhanta en lloc de Saguntum). No hi ha cap més testimoni del fet que els de Zacint intervinguessin en les navegacions gregues de l’extrem occident, i la costa dels Països Catalans era d’hegemonia comercial focea. La hipòtesi que el nom de la ciutat indígena era Arse (el que apareix a les monedes) i que el de Sagunt pot ésser el d’un establiment grec immediat, que alguns han defensat, no té per ara confirmació arqueològica. En tot cas, l’emplaçament, sobre un lloc alt de fàcil defensa, és típic dels poblats ibèrics i no correspon a les fundacions marítimes dels grecs. I les troballes fetes fins ara dins del recinte ibèric són semblants a les de qualsevol altre poblat ibèric. Sembla, però, que Sagunt tenia alguna relació especial amb els grecs, com fa suposar l’aliança amb Roma abans de la segona guerra Púnica.
Fou un centre econòmic important, cosa que demostren les encunyacions monetàries, a nom d’Arse, que començaren al segle III aC, seguint patró grec. Les primeres informacions sòlides sobre la història de Sagunt són les referents a l’atac d’Anníbal que inicià la segona guerra Púnica. El problema de la responsabilitat de l’origen de la guerra, la defensa aferrissada dels saguntins i llur fidelitat a Roma donaren al fet un gran relleu en la història romana. És l’episodi més famós de la història antiga catalana i també el més ben documentat. Anníbal aprofità les lluites tribals ibèriques i es presentà com a defensor dels turboletes (o turdetans) enfront de Sagunt. Partint de Cartago Nova, amb un gran exèrcit (Livi li atribueix 150.000 homes), després de devastar la contrada, atacà la ciutat, però la defensa eficaç l’obligà a establir un setge llarg, que durà pels volts de vuit mesos, de la primavera a la tardor del 219 aC. Combinà el sistema que la ciutat no pogués rebre queviures ni reforços de l’exterior, amb l’atac directe a les muralles amb ariets i torres, i soscavant-les. Davant les dificultats, hagué de prometre als soldats que el botí seria per a ells. Anníbal dirigí el setge personalment (fou ferit per un dard en una cama), llevat d’un breu període que hagué d’absentar-se'n, i el cap fou Maharbaal, fill d’Himilcó. Cap al final hi hagué un assaig de pacte, protagonitzat pel saguntí Alcó i un hispànic que servia amb els cartaginesos, Alorc. Però les condicions que imposava Anníbal eren massa dures: tornar als turboletes (o turdetans) tot el que els havien pres, sortir de la ciutat tots els habitants només amb la roba posada, abandonant-ho tot, disposats a establir-se on manessin els cartaginesos. Mentre les condicions eren exposades a la plaça pública (fòrum) un grup de personatges destacats hi dugué els objectes d’or i d’argent de casa seva, i del tresor públic, i els cremà; alguns dels personatges també es llançaren al foc. Mentrestant els cartaginesos, amos ja d’una part de la ciutat, es llançaren a l’assalt final, durant el qual es produïren escenes d’heroisme desesperat i de carnatge. L’anihilació no fou total, ja que és citat el fet que hi hagué presoners i que una part del botí fou públic.
Després de la guerra la ciutat fou reconstruïda, primer pels cartaginesos, i després del 212 aC (data de l’ocupació romana) pels romans. Malgrat que Sal·lusti diu que en temps de Sertori encara quedaven vestigis de les destruccions cartagineses, les excavacions mostren que la majoria dels vestigis trobats corresponen als segles III-I aC. Durant la guerra annibàlica, els texts manifesten que Sagunt era regit per una assemblea de notables que els romans tradueixen per “senat”, que era sobirana, ja que els acords no passaven per la tribu dels edetans, al territori de la qual Sagunt pertanyia. També és citat el càrrec de “pretor”, així com el “fòrum” com a centre vital i polític de la ciutat. D’ençà que passà al domini romà fou ciutat federada (cas rar al territori català, com Eivissa) fins que en un moment incert del segle I aC, o durant l’època d’August, passà a municipi romà. Durant els segles II i I aC continuà les emissions monetàries d’abans del domini romà, d’una manera molt activa. La ciutat ibèrica, segons el costum, era establerta a la part alta del turó i als vessants superiors, on després hi ha hagut el castell medieval i modern. A partir del canvi d’era, amb la romanització, bona part de la ciutat es desplaçà a la part baixa, on hi ha les cases destacades, identificades pels mosaics (com el de Dirké, aparegut al local actual de La Lira Saguntina); però així com en altres casos de poblament ibèric la ciutat alta fou abandonada, a Sagunt continuà com a centre monumental i sembla que el fòrum no se'n mogué mai.
Durant l’Alt Imperi (segles I-III dC) Sagunt fou una de les ciutats més destacades de la costa mediterrània peninsular, probablement la més poblada després de Tàrraco i Cartago Nova. Fou l’única dels Països Catalans que disposà de més d’un local per a espectacles de masses, llevat de Tarragona: un teatre, bastit com de costum al vessant, i que ha pervingut relativament ben conservat, i un circ, ara molt destruït. La col·lecció epigràfica d’aquest mateix període és una de les més abundants dels Països Catalans. En canvi, els vestigis arquitectònics de la ciutat són força degradats: la part alta ha estat destruïda pel castell i només en resten les substructures, i la part baixa és el subsol de la major part de la Sagunt actual. Sagunt fou una de les ciutats víctimes de les destruccions de la crisi del segle III dC, segons indicis arqueològics (la manca de troballes de ceràmica del Baix Imperi, el fet que damunt del mosaic de Dirké fossin trobades tombes romanes tardanes, etc.). En tot cas, és evident que després decaigué: no fou seu episcopal, i les encunyacions d’època visigòtica foren esporàdiques (només monedes de Gundemar i de Sisebut, en 610-621). La ciutat, durant les primeres etapes de l’edat mitjana, degué esdevenir un camp de ruïnes; així s’explica que perdés el nom i que fos substituït pel de Morvedre, derivat de Muro Vetere (‘la paret vella’).