L’església era, encara al segle XVI, custodiada per un ermità. Abandonada el 1525 per l’assassinat de l’ermità i destruïda, fou refeta en 1541-50. En 1573-78 hi residí una comunitat de mínims, i el 1581 s’hi instal·laren els augustinians. Fou definitivament destruïda pels francesos el 1814. Ha donat nom al barri barceloní de les Hortes de Sant Bertran, sorgit extramurs.