De la capella de Sant Bertran, una de les més importants de les que hi havia a Montjuïc, es té constància documental des de la primera meitat del segle XIV, tot i que algun autor situa el seu origen en temps del bisbe Bertran de Barcelona (1086-1095), al nom del qual s’atribuiria la titularitat de la capella. Era situada al costat del Camí Nou de Montjuïc, prop de la barriada de la Fraga, que correspon a l’actual Morrot. Eclesiàsticament depenia de l’església de Sant Julià de Montjuïc, la qual, alhora, era sufragània de la de Sant Just i Sant Pastor de Barcelona.
Segons una de les primeres notícies documentades l’any 1323, Nicolau de Sales, rector de Sant Just i Sant Pastor, l’encomanà a fra Berenguer Turull, terciari franciscà. D’èpoques posteriors se’n tenen escasses referències, la majoria de les quals donen notícia de les successives obres i restauracions que s’hi practicaren. En aquest sentit, es té constància que la ciutat cedí 50 lliures l’any 1460 per tal de sufragar el cost de les obres. Gairebé derruida del tot el 1541, fou reedificada de nou vers el 1550, i pocs anys després s’hi instal·laren els frares mínims (1573-1578) i els agustins de l’orde de Nostra Senyora de la Soledat (1581). Posteriorment s’hi establiren interinament els agustins calçats (1618-1619). L’església era regida també per un clergue per raó d’una capellanía que s’havia instituït al segle XV, i en consten els noms d’alguns detentors, entre els quals es troba Rafael de Rovirola, més tard nomenat bisbe de Barcelona (1604-1609).
Durant el segle XVII, segons explica una tradició, sant Bertran era invocat pels matrimonis sense fills per tal d’obtenir successió. A la darreria d’aquesta centúria, l’any 1680, la capella fou refeta una altra vegada gràcies als diners aportats pel Consell Municipal, i durant aquestes reformes damunt la porta hi foren esculpides les armes de la ciutat de Barcelona.
La capella de Sant Bertran serví de coadjutora de Sant Just i Sant Pastor per als barcelonins que acampaven a la muntanya de Montjuïc, fugint del bombardeig en el setge del 1714. Destruïda definitivament el 1814 durant la guerra del Francès, l’església donà nom a les hortes de Sant Bertran, que s’estenien des de la Porta de Santa Madrona a la de Sant Pau i Sant Antoni.