Es bastí sobre l’antic hospital de pelegrins de Sant Nicolau, on segons tradició s’havia ja hostatjat Francesc d’Assís (1211) de pas per Barcelona. Els franciscans ja hi eren el 1229, començaren a edificar el convent el 1240 i obtingueren del rei Jaume I la cessió de l’antic hospital i terres del veïnatge els anys 1252 i 1258; això permeté l’expansió vers les Drassanes del convent, format per l’església, tres claustres, amb els edificis conventuals entorn seu i un ampli hort que els fou arrabassat en bona part a partir del s XVIII. L’església, un notable edifici gòtic d’una nau, fou consagrada per Lluís, bisbe de Tolosa, el 1297. La pietat dels barcelonins i la protecció de famílies nobles l’enriquí de capelles i retaules, on tenien sepultura membres de la família reial (Alfons II, les reines Constança de Sicília, Maria de Xipre, Sibil·la de Fortià, Elionor de Xipre i molts infants reials) i de famílies nobles (l’almirall Marquet, els Montcada, Cardona, Fiveller, Entença, Saga, Espuny). Fou molt modificada als darrers segles i enderrocada després de l’exclaustració (1844). El claustre gòtic fou enderrocat el 1822, i amb aquest la sala capitular i la biblioteca pública del convent, rica de manuscrits i incunables. El convent fou centre de la custòdia de Catalunya, molt lligat a la vida ciutadana, i s’hi celebraren molts capítols provincials de l’orde i corts reials, en particular les penúltimes o les de Felip IV (1702) anteriors a la guerra de Successió. Al moment de l’exclaustració (1835) tenia una comunitat de cent cinc persones entre frares, llecs, novicis i donats. De la destrucció se salvaren una col·lecció de quadres de Viladomat, ara al Museu d’Art de Catalunya, làpides i altres peces de valor repartides en diferents museus. En retornar els franciscans a Barcelona (1904) edificaren (1904-12) el convent i l’església de Sant Antoni al carrer de Calaf.