El convent de Sant Francesc de Barcelona forma part de l’important conjunt d’edificis desapareguts al segle XIX en aquesta ciutat. Conegut també amb el nom de Sant Nicolau dels Menors o dels Framenors, era situat al Raval, entre les Drassanes Reials, l’extrem de la Rambla i la plaça dels Framenors. La tradició diu que en un petit hospital de peregrins s’hi va estar sant Francesc d’Assís el 1211, en la seva estada en la ciutat.
Tot i que el conjunt conventual tenia diverses edificacions bastides al llarg dels segles i enderrocades el 1837, hi hagué una primera església possiblement alçada entre el 1236 i el 1240, d’una sola nau, sense absis, amb coberta de fusteria, arcs diafragmes, de petites dimensions i de tipus provisional.
Sembla que la fàbrica de l’església gòtica que arribà fins al segle passat, s’inicià el 1247 amb la presència del rei Jaume I i la seva esposa, en l’acte inaugural.
La documentació existent acredita que les obres continuaren durant les següents dècades, i possiblement el 1297 ja estaven finalitzades.
Sant Francesc, a més de tenir el model de les esglésies franciscanes, tenia també el model del convent de Santa Caterina de Barcelona, de l’orde dels dominicans, iniciat poc temps abans.
La construcció, del segle XIII, se centrava fonamentalment en una església d’una sola nau, amb capelles laterals situades entre els contraforts, malgrat que les de la banda dreta eren més petites tant en l’alçada com en la llargada. Presentava una sola volta de creueria de set trams, amb algunes irregularitats en el traçat, possiblement a causa de l’aprofitament dels contraforts i els fonaments de l’església primitiva. Al damunt de cada capella lateral hi havia un finestral ogival, i aquesta disposició continuava en l’absis poligonal de set costats i d’igual amplada que la nau.
Adossat a la banda exterior del mur dret es construí un claustre de dos pisos iniciat el 1275 i acabat cap a mitjan segle XIV.