Entre els temes abordats destaca el de les reformes institucionals: es mantingué el sistema de majoria qualificada com la norma d’ús general de presa de decisions a la Comissió, i es reduïren les qüestions amb dret a vet: l’ingrés de nous socis, els nomenaments i els assumptes constitucionals. També foren objecte de debat les dimensions de la Comissió, qüestió que enfrontà els països petits amb els grans i per a la qual es proposaren solucions de compromís (nombre màxim de comissaris, torn rotatori igualitari, etc.). També es modificà el nombre de vots al consell de ministres, mesura que tingué més en compte el pes demogràfic d’Alemanya. De manera semblant, fou reformat el sistema de repartiment de vots al Parlament Europeu per al 2004. D’altra banda, el tractat aprovà el sistema conegut com a cooperacions reforçades, a fi que un grup de països pogués avançar amb més rapidesa que els altres en temes d’integració europea, elaborà la Carta dels Drets Fonamentals i fixà el paper dels parlaments nacionals i la simplificació dels tractats.