El 1960 ingressà a l’exèrcit. Posteriorment estudià a Egipte i el 1967 es graduà a l’Acadèmia Militar del Sudan. Després d’ampliar estudis a l’estranger (entre altres països, a Malàisia), al final dels anys vuitanta dirigí les operacions contra la guerrilla secessionista no musulmana del Moviment d’Alliberament Popular del Sudan (MAPS), al sud del país. Ascendit a coronel, el 1989 fou un dels artífexs del cop militar que enderrocà la coalició de govern d’al-Ṣādiq al-Mahdī, i formà part de la junta que el substituí en el poder. El 1993 fou nomenat president del Sudan, càrrec des del qual reforçà la implantació de la llei islàmica i combaté el MAPS al sud. Al nord de l’Estat, aconseguí consolidar-se com a líder d’una dictadura de fort accent personalista, i fou successivament reelegit en les eleccions del 2010 i el 2015, sempre qualificades d’irregulars tant per l’oposició, que les boicotejà, com pels observadors internacionals. El 2005 signà amb el líder del MAPS John Garang un acord de pau que preveia per al 2011 un referèndum d’autodeterminació a la regió. El resultat donà lloc el juliol d’aquest any a la creació del Sudan del Sud, amb el qual el Sudan manté conflictes fronterers. Paral·lelament, el 2003 esclatà un altre conflicte a la regió occidental del Dārfūr, que amb els anys ha esdevingut un dels més sagnants de la història recent.
El març del 2009, el fiscal del Tribunal Penal Internacional cursà una ordre de detenció contra Al-Bašīr (la primera contra un cap d’estat) pels càrrecs de crims de guerra i contra la humanitat perpetrats en aquesta regió, als quals el 2010 hom afegí el de genocidi, ordre que rebé el suport dels Estats Units i de la Unió Europea i l’oposició de la Xina i de gran part dels països àrabs, i que comportà la divisió al si de la Unió Africana. El juny del 2015, la inhibició de Sud-àfrica respecte a l’ordre de detenció del TPI durant una visita oficial d’Al-Bašīr causà una controvèrsia internacional. Acusat pels Estats Units i altres estats d’acollir organitzacions terroristes de l’islamisme radical, el règim d’Al-Bašīr fou sotmès a sancions que han afectat greument l’economia del país, situació que empitjorà la secessió del Sudan del Sud (on se situaven la major part dels jaciments de petroli). El malestar pel deteriorament de les condicions de vida esclatà al final del 2018 amb una onada de protestes i mobilitzacions, reprimides amb detencions massives. Tanmateix, la crisi provocà esquerdes dins l’estament dirigent i, el febrer del 2019, els serveis de seguretat nacional (que comprenien l’exèrcit i la policia) anunciaren la imminent dimissió del president, el qual es negà a abandonar el càrrec. Els mesos següents les protestes s’intensificaren i reberen el suport de la cúpula de l’exèrcit, que l’11 d’abril anuncià l’arrest i l’enderrocament d’Al-Bašīr. Tot i això, els militars refusaren lliurar-lo al TPI. Desestimant els càrrecs de crims de guerra i contra la humanitat i de genocidi, optaren per processar-lo al Sudan per corrupció i per incitació a la violència durant les revoltes que precediren la caiguda del règim. Jutjat l’agost del 2019, fou condemnat al desembre a dos anys d’internament en un centre correccional. El juliol del 2020 començà el judici contra ell i una vintena d’ex-alts càrrecs del seu règim per la participació en el cop d’estat del 1989 amb el qual prengué el poder.