Fou creada el 1887 per Torakusu Yamaha amb el nom de Nippon Gakki Seizō Kabushiki Gaisha, inicialment com a fabricant d’instruments musicals, dels quals aviat es convertí en capdavanter al Japó. A la Segona Guerra Mundial el Govern japonès la reconvertí parcialment en fàbrica d’armament. A la postguerra, la direcció aprofità aquest canvi de direcció per a diversificar l’empresa, especialment en la fabricació de motocicletes. L’èxit d’alguns dels seus productes portà a la fundació de la divisió Yamaha Motor Company l’any 1955, esdevinguda una divisió de l’empresa mare, que el 1987 adoptà la denominació actual. L’any 2009 els ingressos foren d’uns 3.400 mil milions d’euros i els beneficis nets d’uns 210 milions d’euros. El nombre d’empleats era d’uns 27.000.
En la divisió d’instruments musicals, que ha ampliat també a tota mena d’instruments electrònics i a l’electrònica de consum i de reproducció i enregistrament audiovisuals, s’ha consolidat com un dels primers fabricants i exportadors mundials, amb representació i fàbriques al continent americà, Europa i Àsia. Els pianos, en particular, són especialment valorats. L’any 2007 adquirí l’austríaca Bösendorfer, el fabricant dels pianos generalment considerats de més qualitat.
Yamaha Motor company, per la seva banda, és un dels principals fabricants de motocicletes del món i ha establert delegacions, plantes de producció i empreses subsidiàries a Europa, el continent americà, Àsia i Oceania. El 1981, Yamaha comprà el 50% del capital de la Societat Espanyola de Motocicletes (SEMSA), amb fàbrica a l’Hospitalet de Llobregat, producte de la fusió de dues empreses catalanes: Sanglas i Mototrans. El 1987 adquirí el 50% restant de SEMSA, i es convertí en Yamaha, Societat Espanyola de Motocicletes SA. L’any 1992 la fàbrica es traslladà a Palau-solità i Plegamans (Vallès Occidental), on arribà a ocupar més de 400 treballadors. Des del final de la primera dècada del segle XXI tingué fortes pèrdues, i a l’abril de 2012 la direcció de l’empresa feu efectiu el tancament de la planta, que fou traspassada a una altra empresa dedicada a la logística del sector de l’automòbil.