L’església de Sant Pèire de Padèrn és esmentada en la documentació des de l’any 805 (Paternum in suburbio Petra Pertusense cum ecclesiis Sancti Petri et Sancti Martini). Formava part del patrimoni de l’abadia de Santa Maria de la Grassa per donació comtal. Cal dir que l’esment que aquest document fa d’una església dedicada a sant Martí fa referència al temple que hi havia a l’antic vilatge de Molhet. La dependència de l’església de Sant Pèire del monestir de la Grassa va ser confirmada per documents posteriors, datats els anys 899 i 908, i encara en la butlla de l’any 1119 atorgada pel papa Gelasi II a aquest establiment religiós.
L’església de Sant Pèire, avui totalment desapareguda, era situada a l’interior del cementiri de Padèrn, emplaçat a la riba esquerra del Verdoble; les seves ruïnes eren encara visibles al segle XVIII. És molt probable que aquesta església hagués aglutinat al seu voltant el nucli originari de Padèrn, avui dia situat a l’altra riba del Verdoble. Aquest poble primitiu desaparegué quan els seus habitants es traslladaren a viure a redós del castell de Padèrn, construït al segle XII al cim d’una cresta rocallosa sota la qual s’assenta l’actual població, a la riba dreta del Verdoble.
La dedicació a sant Pere fou totalment abandonada, de manera que la parròquia del poble actual de Padèrn és dedicada a santa Cecília.