Fou fundat el 1483 amb jurisdicció sobre tots els tribunals inquisitorials de les corones de Castella i de Catalunya-Aragó, i entre el 1580 i el 1640, a Portugal. Era presidit per l’inquisidor general i compost per sis consellers, dos dels quals havien de pertànyer al Consell de Castella; des del 1616 un conseller havia d’ésser dominic. Diversos funcionaris (dos secretaris, un algutzir major, un receptor, etc) el completaven. S'ocupava de la gestió financera de la inquisició i de l’administrativa dels seus béns propis i dels procedents de les confiscacions penals, però no intervenia en els afers religiosos; el 1647 el consell exigí la seva confirmació de totes les sentències locals. La corona el controlà i li donà suport, i el considerà com un consell especial. Gaudí d’un gran poder sota la casa d’Àustria, però les reformes borbòniques el limitaren molt. Suprimit per Josep I el 1808 i per les corts de Cadis el 1813, Ferran VII el restaurà el 1814. El 1820 el govern liberal l’abolí definitivament.