Fill de Felip II de Castella i de la seva quarta muller, Anna d’Àustria. El seu pare s’esforçà a educar-lo per a les tasques de govern, però en restà descoratjat per l’abúlia i el desinterès del seu hereu. Aquest, en arribar al tron, confià immediatament els afers a un privat, Francisco Gómez de Sandoval-Rojas y de Borja, futur duc de Lerma, el qual aprofità les seves atribucions gairebé omnímodes per a beneficiar parents i amics i per a enriquir-se escandalosament. El rei anà a València tot seguit; hi jurà els furs (tanmateix, no hi tingué corts fins el 1604) i hi contragué matrimoni (abril del 1599) amb Margarida d’Àustria, filla d’un nebot de l’emperador Carles V. Passà després a Barcelona, on jurà les constitucions del Principat i tingué corts, que es caracteritzaren per llur brevetat, per la facilitat amb què el rei concedí títols i honors i per la introducció de lleis encertades. Hom reiterà, a més, el principi que la legislació catalana només podia ésser dictada o modificada per les corts. El monarca rebé, en canvi, un donatiu summament generós: un milió cent mil lliures en efectiu i serveis i drets per valor de dos milions més. La cordialitat aparent de les relacions entre els catalans i el rei ocultava, però, crisis latents: les constitucions aprovades foren retocades unilateralment pel rei a Madrid; d’altra banda, el bandolerisme assolava el Principat, i les autoritats reials topaven amb les constitucions i els drets dels catalans quan intentaven de reprimir-lo per procediments massa expeditius. La lluita perdé eficàcia, a més, per la penúria econòmica de la monarquia, i això creà a Madrid la noció que calia equiparar la pressió fiscal dels Països Catalans —protegits per llur legislació— amb la de Castella.
Així s’inicià el conflicte dels quints, que acabà esclatant en el regnat de Felip IV. La ruïna de Castella derivava del dèficit paorós de la política imperialista de Felip II. El duc de Lerma s’esforçà a liquidar-lo amb la conclusió de les paus gestades en el regnat anterior: ratificació (1601) de la pau de Vervins, amb la qual hom acordà el matrimoni del príncep Felip amb Isabel de França, pau amb Jaume I d’Anglaterra (1605) i, després de laborioses negociacions, una treva de dotze anys amb els independentistes holandesos (1609). Hom procurà d’atenuar l’impacte psicològic d’aquesta treva —considerada per molts magnats castellans com una humiliació— amb el decret de l’expulsió dels moriscs, publicat el mateix dia, que satisfeia l’anhel de l’Església d’eliminar dissidències religioses reals o encobertes. Aquesta mesura, vàlida per a tots els territoris hispànics, afectà especialment el País Valencià, Aragó i el Principat. Llevat, doncs, del conflicte que Carles Manuel I de Savoia desencadenà a Itàlia (1612-17), el govern de Felip III es caracteritzà per una actitud pacífica, que responia alhora a una tendència general europea, a la natura abúlica del rei i a la necessitat imperiosa d’estabilitzar les finances. De fet, però, les crisis agrícoles a la península Ibèrica, la irregularitat dels ingressos de les colònies americanes —que, llevat d’alguns anys excepcionals, començaven a minvar—, l’alteració de la moneda castellana practicada sistemàticament pel rei i les dilapidacions d’una cort frívola i d’una administració corrompuda malaguanyaren l’oportunitat de sanejar les finances de la monarquia d’una manera eficaç.
Aquest problema no passà desapercebut a Castella, on sorgiren diversos economistes, reals o afeccionats, els anomenats arbitristas (arbitrisme), el més destacat dels quals fou Martín González de Cellorigo, que propugnaven solucions de tota mena per a deturar el procés que arrossegava la monarquia cap a la ruïna. L’esclat de la guerra dels Trenta Anys (1618) i la limitada —de moment— intervenció castellana al costat d’Àustria determinaren la fi d’aquesta etapa pacífica i un nou creixement de les despeses de la corona, els ingressos de la qual eren en gran part compromesos molt abans de materialitzar-se. Aquell mateix any, pressionat per un sector important de la cort i per la immoralitat del seu govern, Felip III apartà el duc de Lerma de la cort i posà els afers en mans del duc d’Uceda, fill del privat destituït. El 1519, Felip III anà a Portugal, regne que mai no havia visitat, a fer reconèixer el seu fill Felip com a hereu. El gest conciliador fou, però, poc apreciat pels portuguesos, descontents davant el trist paper que llur país representava dins la monarquia dels Àustria, que negligia tant el territori metropolità com les colònies portugueses, ara també víctimes dels enemics europeus de Castella, especialment dels holandesos. Durant aquest viatge, Felip III se sentí malalt; millorà en retornar a la cort, però poc després s’agreujà (març del 1621), i morí el darrer dia del mes, una setmana abans que acabés la treva de dotze anys amb Holanda. Deixà el tron al seu fill Felip (Felip IV de Castella), que encara no tenia setze anys.