Estudià dret a Lima i a Madrid, i posteriorment sociologia a París. L’any 1976 ingressà a l’APRA (Alianza Popular Revolucionaria Americana), el 1978 fou elegit membre de l’assemblea constituent i el 1980 esdevingué diputat al Congrés per aquest partit, del qual l’any 1982 ocupà el càrrec de secretari general.
El 1985 assolí la presidència del país. El seu mandat estigué marcat per la decisió de nacionalitzar la banca i suspendre el pagament del deute extern. L’empobriment durant aquests anys, que estigueren presidits per una altíssima inflació, afavoriren la inestabilitat social i el creixement de la insurgència violenta, de la qual grups terroristes com Sendero Luminoso i Tupac Amaru foren l’expressió més sagnant. Davant aquesta situació, en les eleccions del 1990 fou derrotat per Alberto Fujimori, líder de la coalició Cambio 90. Acusat de corrupció per la justícia del seu país, en 1992-2001 visqué a l’exili.
Retornà al Perú aquest darrer any, havent prescrit les acusacions, per tal de presentar-se a les eleccions presidencials, en les quals fou derrotat per Alejandro Toledo. El juny del 2006 es presentà novament a les presidencials, que guanyà imposant-se a l’ex militar colpista Ollanta Humala. En el seu segon mandat accentuà la repressió dels grups violents, i l’abril del 2007 aconseguí del Parlament poders per a decretar l’estat d’emergència amb la finalitat de combatre el crim organitzat i el narcotràfic. Intensificà també el setge judicial sobre l’expresident Fujimori per violacions de drets humans durant el seu mandat, pero tot i que l’abril del 2009 fou condemnat, un any després li fou aixecada la pena.
L’octubre del 2008 el govern passà el moment més crític quan dimití en bloc a causa d’un cas de suborns per contractes d’explotació petroliera en el qual es veieren implicats alguns dels seus membres. La crisi es tancà en designar García un nou primer ministre d’un partit de l’oposició. Els enfrontaments a causa de les confiscacions de terres als indígenes de l’Amazònia per a facilitar les prospeccions d’empreses petrolieres i gasistes causaren una segona crisi de govern el juny del 2009. També foren motiu de contestació les polítiques de liberalització econòmica, tot i que el seu segon mandat fou, pel que fa als indicadors macroeconòmics, un dels períodes de creixement més alt de la història recent del Perú.
No presentà candidatura a un tercer mandat per a les eleccions de l’abril del 2011. Des d’aquest any, l'APRA, que continuava liderant, entrà en una fase de marginalitat. Acusat d’estar implicat en la trama Oderbrecht, un dels escàndols de corrupció més grans de l’Amèrica Llatina, se suïcidà poc abans de ser detingut per la policia.