Fou instituït el 1975, amb la regularització de les reunions dels caps d’estat i de govern dels estats membres de la Unió Europea en el Consell Europeu, que fins aleshores tenien un caràcter informal. Fins el 2009, fou un càrrec rotatori i semestral, ocupat pel primer ministre o president de l’estat membre en què requeia la presidència. Les seves atribucions es limitaven a preparar les reunions del Consell Europeu i a representar-lo davant del Parlament Europeu.
El Tractat de Reforma de la Unió Europea dotà la presidència del Consell Europeu d’un perfil més elevat: el càrrec deixava de ser rotatori i era elegit per majoria qualificada del Consell Europeu. El mandat tenia una durada de dos anys i mig, renovable una vegada. A les funcions prèvies a aquests canvis, afegia la representació exterior de la Unió Europea en els afers de política exterior i de seguretat comuna, sense perjudici de les atribucions de l’alt representant de la Unió per a Afers Exteriors i Política de Seguretat. El primer en ocupar el càrrec fou Herman Van Rompuy (2009-14), al qual succeí Donald Tusk. Tots dos dimitiren la presidència del govern del seu país (Bèlgica i Polònia, respectivament) abans d’assumir la del Consell Europeu. El juliol del 2019 fou elegit nou president Charles Michel a partir de l’1 de desembre.