Era el primogènit de l’emperador Carles V i d’Isabel de Portugal. De caràcter retret i reservat, religiós fins al fanatisme, rebé una educació acurada, però molt centrada en el món castellà, fet que perjudicà la seva comprensió del conjunt complex de països que havia de governar. Especialment lamentable fou la seva incapacitat per als idiomes; el seu francès deficient i el seu desconeixement del flamenc el perjudicaren en les seves relacions amb els alts dignataris de l’imperi i amb els Països Baixos.
Carles V li confià aviat una participació en les tasques de govern; a setze anys fou regent dels països hispànics (són cèlebres els consells que Carles V li envià des de Palamós, abans de partir); el 1546 l’investí duc de Milà i li feu visitar l’imperi (1548-50). Després del seu primer matrimoni (1543), amb Maria Manuela de Portugal, de la qual restà vidu en néixer el seu fill Carles (1545), el seu pare concertà el seu casament (1554) amb Maria I, reina d’Anglaterra, a fi de consolidar-hi la restauració del catolicisme i d’apuntalar l’hegemonia castellana a Europa. La unió, però, era tan desigual (Maria, dotze anys més gran que Felip i de salut precària), que no hi hagué descendència, i es dissolgué a la mort de la reina (1558).
Mentrestant, Carles V havia cedit a Felip tots els dominis, llevat de l’imperi, que el germà de l’emperador, Ferran, havia insistit a vincular a la seva branca familiar i on Felip no havia despertat cap simpatia durant la seva visita. El 1555, a Brussel·les, Carles V li traspassà els Països Baixos, i el 1556, els regnes hispànics. La primera preocupació de Felip II fou la guerra contra Enric II de França; assolí la victòria de Saint-Quentin, el 1557 (per commemorar-la feu construir el monestir de San Lorenzo d’El Escorial), però no sabé explotar-la, i el 1559 hom signà el tractat de Cateau-Cambrésis. Felip II retornà a la península Ibèrica —d’on ja no sortí més—, i, mort Enric II, intervingué en els afers de França i col·laborà amb la reina vídua, Caterina de Mèdici, en la lluita contra el protestantisme, i es mullerà amb Isabel de Valois, filla de Caterina.
El decenni de 1560-70 fou decisiu: les guerres de religió a França repercutiren en la infiltració d’hugonots, especialment a Aragó i a Catalunya; alhora es produí l’alçament dels moriscs de Las Alpujarras (1568-70), els quals hom havia volgut obligar a abandonar la llengua, els costums i la indumentària. L’alçament feia témer les connexions entre els rebels i els turcs que assolaven la Mediterrània (i que havien posat tan en perill les costes dels Països Catalans, que el rei havia arribat a decretar l’evacuació de Menorca i a pensar seriosament a abandonar les Balears). La repressió fou confiada a Joan d’Àustria, germà natural del rei, que reduí l’alçament amb dificultats.
Aquells mateixos anys, la intransigència del rei en la repressió del protestantisme provocà un alçament als Països Baixos (1556). Felip II, malgrat els consells de la governadora, la seva germana natural, la duquessa Margarida de Parma, optà per la repressió, confiada a Fernando Álvarez de Toledo y Pimentel, duc d’Alba (1567-73), el qual no assolí sinó augmentar els greuges de la població i provocar la secessió de les Províncies del Nord, que, finalment, declararen abolida l’autoritat de Felip II (1581). El conflicte dels Països Baixos repercutí en la mateixa cort, on un partit encapçalat pel príncep d’Èboli semblava haver-se decantat per una política contemporitzadora. El mateix fill del rei, Carles d’Àustria, sembla que dissentí de la política paterna; Felip II, convençut que el seu fill era incapaç i indigne de succeir-lo, el feu empresonar. El príncep morí poc després, en circumstàncies mai no aclarides pel secret rigorós amb què Felip II feu tractar tot l’afer.
Més greu encara fou el conflicte amb el seu secretari Antonio Pérez, culpable de l’assassinat d’Escobedo, relacionat amb una qüestió d’amors secrets, segons uns, o de contactes amb els rebels holandesos, segons uns altres. La fugida de Pérez, que, essent aragonès, es refugià a Saragossa, determinà la irrupció de tropes castellanes, davant la negativa del justícia d’Aragó, Juan de Lanuza y Ximénez de Urrea, a lliurar-lo. El conflicte s’afegia a les anomenades alteracions d’Aragó (Aragó), i Felip II exercí una repressió severa: feu executar el justícia i modificà les constitucions aragoneses.
Tots aquests fets provocaren en Felip II un enduriment progressiu d’actitud; s’ha considerat l’any 1568 com la data del viratge definitiu cap a un tancament a qualsevol influència exterior com a mitjà per a protegir els seus dominis contra l’islam i, sobretot, contra el protestantisme. La inquisició, creada inicialment per a defensar el catolicisme de la influència judaica o islàmica encoberta, trobà un nou camp en l’atac als suspectes de doctrines protestants. Felip II prohibí als naturals dels seus regnes d’anar a estudiar a l’estranger, estengué la censura de llibres als Països Catalans (1573) i mantigué, en matèria religiosa, una actitud que ultrapassava l’oficial de l’Església (com en el procés a l’arquebisbe Bartolomé Carranza i en el control absolut exercit en la vida religiosa de les colònies d’Amèrica). Aliat amb els Estats Pontificis i amb Venècia (Lliga Santa), infligí una seriosa derrota als turcs a la batalla de Lepant (1571), bé que la victòria no fou aprofitada, i poc després (1574) la Goleta i Tunis queien en poder dels turcs.
Castella, sotmesa a la contínua pressió fiscal que comportaven les lluites exteriors, continuà el procés d’empobriment iniciat els darrers anys de Carles V; la monarquia hagué de declarar-se en fallida el 1575 (com ja ho havia hagut de fer el 1557), malgrat els recursos que proporcionaven les colònies americanes, on havia restat pràcticament completada la conquesta, a la qual s’havien afegit territoris d’Oceania (Filipines). Però el comerç de Castella amb Amèrica restà en tot moment insuficient per a cobrir les necessitats de les colònies, i la situació de guerra latent amb Anglaterra era una porta oberta al contraban anglès en aquella zona. Elisabet I d’Anglaterra fomentà aquestes activitats, especialment a mesura que les relacions amb Felip II es deterioraven, car temia que aquest projectés d’arrabassar-li la corona i obligar Anglaterra a retornar al catolicisme, basant-se, potser, en la proclamació de Maria Stuart com a reina. La confiscació de diners destinats a les tropes de Flandes per part d’Anglaterra aguditzà la crisi (1568); l’ajut anglès als rebels holandesos perjudicà greument l’acció bèl·lica castellana, i Felip II procurà de fomentar alçaments i conspiracions contra la reina anglesa.
El 1580 Felip II fou reconegut com a rei de Portugal, en extingir-se la dinastia d’Aviz amb el rei-cardenal Enric, únic successor del desaparegut rei Sebastià. Això proporcionà a Felip II nous recursos i la plataforma necessària per a intentar la invasió d’Anglaterra; amb aquesta finalitat preparà curosament l’anomenada Armada Invencible, que fracassà, però, sense haver inquietat seriosament els anglesos (1588). Aquesta vinculació a la política de Felip II perjudicà notablement els interessos portuguesos, que foren inclosos en els atacs d’anglesos i holandesos sense beneficiar-se en cap sentit de l’administració del Consell de Portugal, creat (1582) per a dirigir els seus afers des de Madrid.
La relativa prosperitat del decenni 1580-90 donà pas a una nova situació de crisi, provocada pel conflicte crònic dels Països Baixos i per la intervenció en les guerres de religió de França; Felip II proposà la seva filla Isabel Clara Eugènia com a candidata al tron francès, però els estats generals francesos no l’acceptaren (1593) i reconegueren, en canvi, Enric III de Navarra (Enric IV de França). Felip II li declarà la guerra, però una nova fallida econòmica (1596) l’obligà a preferir la pau amb França (tractat de Vervins, 1598) i a intentar una solució als Països Baixos, que col·locà sota la sobirania d’Isabel Clara Eugènia, casada amb l’arxiduc Albert d’Àustria, solució que les Províncies del Nord es negaren a acceptar.
Les relacions de Felip II amb els Països Catalans foren marcades pel recel del monarca davant la infiltració d’hugonots, especialment al Principat, on, efectivament, s’introduïren entre els bandolers (bandolerisme). Aquesta temença l’induí a prendre mesures dràstiques i anticonstitucionals, com l’empresonament dels diputats i oïdors de la generalitat (1569-70) arran d’una denúncia de la inquisició, que resultà sense fonament. En general, però, Felip II mantingué una actitud respectuosa envers els Països Catalans; el 1563 tingué corts a Montsó per a aragonesos i valencians, i les continuà el 1564 a Barcelona. Procurà, però, de col·locar funcionaris castellans en els llocs preeminents. A les noves corts celebrades a Montsó el 1585 (continuades després a València), els catalans protestaren de la castellanització de l’Església, especialment visible al monestir de Montserrat.
La figura de Felip II ha estat objecte de controvèrsies que amaguen actituds divergents en l’apreciació de la història d’Espanya: l’actitud apologètica l’ha presentat com a model de virtuts i de bon govern, mentre que el corrent debel·lador, iniciat per la publicació de les Relaciones (1594) del seu antic secretari, Antonio Pérez, el presenta com un monstre de l’obscurantisme. N’ha estat molt lloada la capacitat de treball, bé que hom ha remarcat la seva tendència a la centralització de la maquinària estatal i a la burocratització excessiva, concentrada a la capital, que establí d’una manera definitiva a Madrid. S’ha descobert, en la correspondència amb Isabel Clara Eugènia i Caterina Miquela, filles del seu tercer matrimoni, una faceta humana que havia estat ignorada i que hom ha emprat com a argument davant la tesi de la seva inhumanitat. Morí decebut per la incapacitat que demostrava el seu hereu, Felip III de Castella, fill del seu quart matrimoni, amb Anna d’Àustria.