Graduat a l’acadèmia militar el 1949, el 1969 fou nomenat general i cap de l’estat major de la força aèria. El 1975 ocupà el càrrec de vicepresident de la república, i el 1978, el de vicepresident del partit governant a Egipte, el Partit Nacional Democràtic.
L’octubre del 1981, arran de l’assassinat del president Anwar al-Sadat, es convertí en primer ministre i president de la república, càrrec en què fou confirmat per referèndum al mateix mes i per al qual fou reelegit el 1987, el 1993 i el 1999. El gener del 1982 lliurà el càrrec de primer ministre a A.F. Mohieddin i fou nomenat president del Partit Nacional Democràtic (PND). Mubārak continuà la política de Sadat: a l’interior mantingué un sistema multipartidista molt controlat des del poder i intensificà intermitentment la repressió dels partits islamistes, especialment dels Germans Musulmans, il·legalitzats per Sadat; en política exterior, tot i el progressiu distanciament d’Egipte en el conflicte entre palestins i israelians, actuà diverses vegades com a mitjancer, i els anys noranta fou un dels principals avaladors del món àrab de les negociacions que culminaren en els acords de pau d’Oslo (1993). Malgrat el seu prooccidentalisme, el 1989 aconseguí la readmissió d’Egipte a la Lliga Àrab. Durant la guerra del Golf Pèrsic (1991) encapçalà la col·laboració amb els EUA en l’atac a l’Iraq. A causa d’aquests posicionaments fou objecte de dos atemptats fallits (1995 i 1999).
Arran de la segona intifada (2000), si bé el 2001 suspengué les relacions amb Israel, el 2003 fou un dels principals avaladors del “Full de Ruta” per a la resolució del conflicte palestinoisraelià i mantingué un perfil baix amb relació a la guerra de l’Iraq, tot i oposar-s’hi. En canvi, a l’interior, el seu autoritarisme fou contestat de manera creixent, fins i tot pels EUA. El maig del 2005 fou aprovada en referèndum una esmena constitucional per la qual es permetia més d’un candidat en les eleccions presidencials. Tanmateix, tant en les presidencials (setembre) com en les legislatives (desembre) Mubārak i el PND foren revalidats en el càrrec, malgrat la baixa participació, les acusacions de frau i que els Germans Musulmans continuaren il·legalitzats. El març del 2007, una nova sèrie d’esmenes constitucionals foren aprovades en referèndum, bé que l’oposició qualificà els resultats de fraudulents, i al juny el PND tornà a guanyar les legislatives. Els anys següents tingué lloc un fort augment de les protestes contra el règim, que cada cop foren més manifestes i que les successives onades de repressió no aconseguiren frenar.
En un clima marcat per les eleccions presidencials previstes per al 2011, els esdeveniments es precipitaren després de la revolta que feu caure el president de Tunísia Ben ‘Alī, el qual presidia un règim similar al de Mubārak. Aquest intentà amortir les protestes amb la designació d’un nou vicepresident, el general ‘Umar Sulaymān, figura que gaudia d’una àmplia i reconeguda reputació. Tanmateix, després de les protestes multitudinàries de la Primavera Àrab que tingueren lloc al llarg de les dues primeres setmanes de febrer, instat per les pressions internacionals (amb els EUA al capdavant) i el mateix exèrcit (fins aleshores el pilar del règim), l’11 de febrer Mubārak dimití el càrrec. Traslladat a la seva residència de Šarm al-Šaik, el mes d’abril la fiscalia n’ordenà la detenció juntament amb dos dels seus fills, als quals acusà de corrupció i de responsabilitat per la mort de diversos manifestants en les revoltes contra el règim. Tanmateix, a causa del seu precari estat de salut fou hospitalitzat.
A l’agost, però, començà el seu judici (juntament amb el dels seus col·laboradors) per haver ordenat la repressió violenta dels manifestants durant la revolta que l’enderrocà. El juny del 2012 el tribunal especial dictà sentència i condemnà Mubārak a cadena perpètua per complicitat en l’assassinat de prop d’un miler de manifestants. Tanmateix, després que el seu successor a la presidència Muḥammad Mursī fos enderrocat en un cop d'estat (juliol del 2013), un tribunal acceptà els recursos d’apel·lació i ordenà la repetició dels judicis. Sotmès a arrest domiciliari des de l’agost, el maig del 2014 fou declarat culpable d’apropiació fraudulenta de fons públics i condemnat a tres anys de presó. Al novembre fou absolt pel cas de la mort dels manifestants, i també declarat no culpable en un cas d’exportació de gas a Israel. Absolt definitivament pel tribunal d’apel·lació el març del 2017, sortí de l’hospital militar Maadi del Caire, on el 2013 havia estat transferit des de la presó.