La JAXA es creà a l’octubre del 2003 a partir de la fusió de l’antiga agència espacial japonesa, la NASDA, amb dues institucions públiques. L’objectiu de la fusió fou reunir sota un únic comandament totes les institucions encarregades del desenvolupament de tecnologia i ciències espacials. Controla les sèries de coets llançadors H i M. Ha posat en marxa diversos programes científics; entre els projectes d’exploració del sistema solar hi ha la sonda LUNAR-A, que ha d’investigar la Lluna, i diversos projectes per a l’exploració de Mercuri i Venus. La JAXA col·labora en el projecte de l’Estació Espacial Internacional amb el mòdul d’experiments KIBO i controla una flota de satèl·lits d’observació terrestre i telecomunicacions.