Fou catedràtic de la facultat de medicina de València i hi ensenyà histologia i tècnica microgràfica. Realitzà diversos estudis sobre cancerologia i escriví les obres La enfermedad cancerosa y su importancia en la región valenciana (1958) i Anatomía patológica tumoral (1968), entre d’altres. A més, publicà diversos treballs sobre la patologia del càncer a l’Estat espanyol i les lesions del sistema nerviós simpàtic, entre d’altres.
Es traslladà als EUA l’any 1891, on exercí la docència, i treballà a l’institut Rockefeller de Nova York. Féu investigacions sobre partenogènesi, tropismes, regeneració de teixits, etc. Estudià les causes de l’envelliment i oferí una base científica a la moderna geriatria.
Aconseguí d’aïllar i de cultivar el bacil productor de la diftèria, després d’haver-lo descobert Klebs a les falses membranes de la faringe (1884). Més tard (1898) descobrí el virus causant de la glossopeda.
Deixeble de Claude Bernard, ideà un procediment per a comptar els eritròcits de la sang.
Fill de Joan Maluquer. Especialista en entomologia, fou membre fundador de la Institució Catalana d’Història Natural, que presidí el 1910. El 1918, juntament amb els seus germans Joaquim i Josep publicà la revista Physis.