Després d’estudiar medicina a Lausana, ingressà a l’Institut Pasteur de París i col·laborà amb Roux (descobriment de la toxina diftèrica, 1890). El 1894 descobrí a Hong Kong el bacil de la pesta ( Yersinia pestis ). L’any 1902 fou nomenat director de l’escola de medicina de Hanoi, i residí a Indoxina fins a la mort.
Fins a Linné, del qual pot considerar-se precursor, el seu Pinax theatri botanici (1623) fou un llibre imprescindible per als botànics (més de 6000 plantes hi són designades amb dos noms genèric i específic). Intentà ja una classificació de les plantes basada en llurs afinitats naturals. Com a anatomista creà una nomenclatura dels músculs encara utilitzada actualment.
Dirigí l’equip que preparà les primeres edicions del Manual of determinative bacteriology, on restà establerta la sistemàtica dels bacteris més generalment acceptada actualment arreu del món.
Ocupà la càtedra de química de la Universitat d’Uppsala; investigà sobre l’afinitat dels elements; fou el primer que assenyalà la influència de la concentració en un sistema de dues sals dissoltes i en equilibri i el mecanisme de desplaçament d’aquest, observacions que molt posteriorment conduïren a la llei d’acció de massa. Fou autor de nombrosos treballs sobre mineralogia, geologia i astronomia.
Fill de Joan Maluquer i Viladot. Especialista en oceanografia i malacologia, fou membre fundador, secretari (1904-05) i president (1951) de la Institució Catalana d’Història Natural. Ocupà el càrrec de director general de CAMPSA (1931) i d’Indústria, a la zona republicana, durant la Guerra Civil de 1936-39.
Tractà del comportament i del psiquisme animal en diverses obres, com Les Tropismes (1951), Les instincts (1959), i escriví, en col·laboració amb M.Klein i C.Kayser, un tractat de psicofisiologia que ha tingut un ampli ressò.
Les seves investigacions aclariren el paper dels bacteris dins el cicle del nitrogen i contribuïren al millor coneixement de fenòmens agrícoles relacionats especialment amb el sòl conreat.