Fill d’immigrants japonesos, es llicencià en peritatge agrícola. Rector de la Universitat Agrària Nacional i president de l’Associació Nacional de Rectors (1984-89), al capdavant de la coalició centrista Cambio 90 i amb un missatge de regeneració i desenvolupament, vencé en les eleccions del 1990 i accedí a la presidència. El 1992, amb el suport de l’exèrcit, protagonitzà un cop d’estat, suspengué la constitució del 1979 i convocà eleccions per a un Congrés Constituent Democràtic, que guanyà, cosa que li permeté elaborar una nova constitució, aprovada en referèndum el 1993, que autoritzava un segon mandat a la presidència. La combinació d’autoritarisme, corrupció, bons resultats en l’economia i en la lluita contra el terrorisme (especialment la guerrilla de Sendero Luminoso) contribuïren a la seva reelecció i a l’obtenció de majoria absoluta per al seu partit el 1995. El 1998 signà un tractat que posava fi a la històrica disputa fronterera entre el Perú i l’Equador.
El 2000 es presentà a la reelecció per a un tercer mandat, consulta que ocasionà un gran nombre d’acusacions de frau. El mateix any, un escàndol de suborn a un polític de l’oposició provocà la fugida de Fujimori al Japó, des d’on dimití el càrrec. Refugiat al Japó i reclamat per les autoritats peruanes, que l’acusaven de frau i de corrupció i de violació dels drets humans al llarg del seu mandat, el 2005 començà el judici al seu principal col·laborador, Vladimiro Montesinos, acusat d’execucions extrajudicials. Aquest any Fujimori fou detingut a l’aeroport de Santiago de Xile. El Perú demanà la seva extradició, que es veié dificultada per la doble nacionalitat que posseïa, peruana i japonesa. El juliol del 2007 concorregué a les eleccions al senat del Perú, sense resultar elegit. Finalment, fou extradit al setembre i jutjat i condemnat al desembre a sis anys de presó per abús de poder. El 2009, en un segon judici fou condemnat a vint-i-cinc anys de presó per la seva responsabilitat en vint-i-cinc assassinats comesos el 1991 i el 1992, i en dos segrestos. El 2015 fou sentenciat a vuit anys de presó per un delicte de desviació de fons de l’exèrcit per a finançar campanyes difamatòries a la premsa contra els seus oponents. El desembre del 2017 el president Pedro Pablo Kuczynski concedí a Fujimori un controvertit indult, que justificà per motius de salut, però l’octubre del 2018 un tribunal n’ordenà el reingrés a la presó després de donar la raó a una apel·lació de familiars de víctimes de les massacres. El 17 de març de 2022 fou de nou indultat després de 25 anys de presó.
La seva filla Keiko Fujimori (Lima, 25 de maig de 1975), graduada en administració d’empreses als Estats Units, exercí com a primera dama després del divorci dels seus pares (1994-2000). El 2006 fou elegida diputada al Congrés pel partit fujimorista Alianza por el Futuro i el 2011 disputà la presidència del Perú, que perdé davant d’Ollanta Humala. Tornà a presentar-se a les presidencials del 2016, en les quals fou derrotada per Pedro Pablo Kuczynski. Tanmateix, en les legislatives del juliol del 2016 el seu partit, Fuerza Popular, obtingué majoria absoluta al Congrés, cosa que li donà una gran influència. Poc després de l’indult concedit al seu pare, perdé la majoria absoluta a la cambra (gener del 2018) per la defecció de deu diputats, tot i restar com el partit amb més representació. L’octubre del 2018 ingressà en presó preventiva per presumptes suborns relacionats amb la trama de corrupció Odebrecht, amb ramificacions en diversos estats de l’Amèrica Llatina, per al finançament de la campanya electoral del 2011. El novembre del 2019 el Tribunal Constitucional peruà decretà la seva llibertat (bé que continuà essent investigada), però al gener de 2020 reingressà a la presó.