Als 4 anys d’edat ingressà en una escola islàmica de Qom i fou deixeble de l’aiatol·là Khomeynî, del qual esdevingué un fidel seguidor en el moviment islamista d’oposició clandestina a la monarquia Pahlawi. Durant l’exili de Khomeynî (1964-78) fou un dels dirigents que el representaren a l’Iran, i per aquest motiu fou empresonat diverses vegades. Instaurat el règim islàmic (1979), fou president del Majlis (Parlament) en 1980-89, i en 1988-89, cap de les forces armades, càrrec des del qual, amb l’aprovació de Khomeynî, promogué els acords de pau amb l’Iraq. després de la mort de Khomeynî, fou elegit president de la República Islàmica (1989). El mateix any, l’aprovació per referèndum de la reforma constitucional amplià considerablement els seus poders. Per tal de reactivar la malmesa economia del país després dels vuit anys de guerra amb l'Iraq promogué la liberalització econòmica i intentà trencar l’aïllament internacional de l’Iran amb una política exterior més moderada (neutralitat en la guerra del Golf Pèrsic, relacions comercials amb països no islàmics, bé que no revocà la condemna de l’escriptor Salman Rushdie). Tot i no renunciar al programa nuclear de l'Iran, el mantingué en un perfil baix. Aquest pragmatisme reportà tensions amb Ali Khamenei, autoritat espiritual suprema. Confirmat en les legislatives del 1992 i les presidencials del 1993, deixà el càrrec el 1997 i fou succeït com a president de la república pel seu protegit, Mohammad Khatami. El 2005 es presentà novament a les eleccions presidencials, però fou derrotat pel radical Mahmud Ahmadinejad. Des d’aleshores es mantingué en un segon pla i posà la seva influència al servei dels sectors moderats. Entre altres, expressà públicament suport al candidat centrista Mir Hossein Mussaví (primer ministre en 1981-89), derrotat per Ahmadinejad en unes turbulentes eleccions legislatives (2009), posicionament que li valgué una certa marginació. Criticat per amplis sectors per acumulació de riquesa i per nepotisme, el 2013 l’autoritat religiosa vetà el seu intent de concórrer a les eleccions presidencials. Rafsanjani donà suport aleshores a un estret col·laborador seu, Hassan Rouhani, el qual, finalment, guanyà la presidència, i Rafsanjani l'ajudà a aconseguir l’acord nuclear de l’Iran amb els Estats Units (2015).