Ingressà a l’orde escolapi, s’ordenà sacerdot i se secularitzà el 1982. El 1968 substituí el seu germà Francesc Botey fent tasques solidàries al Camp de la Bota quan aquest fou empresonat (1968-69). Aquest any inicià la tasca pastoral i docent (fins el 1975) al barri de Can Serra de l’Hospitalet de Llobregat, ciutat on desenvolupà la major part de la seva activitat, promovent un gran nombre d’iniciatives solidàries, molt centrades en l’escolarització d’adults, camp en el qual rebé la influència de Paulo Freire. Primer regidor d’Educació de l’Hospitalet pel PSUC després del franquisme (1979-83), posteriorment passà a l’oposició (1987-95). El 1984 impulsà el Centre d’Estudis de l’Hospitalet (1984). Fou membre fundador (1998) i president (2000-02) d’Esquerra Unida i Alternativa.
Llicenciat en filosofia, teologia i doctor en història i antropologia, del 1975 al 2015 fou professor d’història de la cultura i de moviments socials a la Universitat Autònoma de Barcelona, on fou director de l’Escola de Mestres (1991). Impulsà múltiples iniciatives i organitzacions d’esquerres, primer emmarcades en l’antifranquisme (Cristians pel Socialisme, Cristianisme i Justícia, etc.) i posteriorment en l’antiglobalització i l’altermundisme, entre d’altres la plataforma Aturem la guerra i els moviments propalestí i de suport als règims d’esquerres de l’Amèrica Llatina. Fou president de la Casa de Nicaragua. Publicà nombrosos llibres i articles sobre marginalitat, educació, cristianisme i moviments antiglobalització. El 1999 rebé el Premi d’Honor de la ciutat de l’Hospitalet de Llobregat i el 2017 el premi Memorial Joan XXIII de la Universitat Catalana per la Pau i l’Institut Víctor Seix.