En general (bé que no sempre, com és el cas dels gitanos o els jueus, especialment abans de la creació de l’estat d’Israel), les minories nacionals mantenen un vincle més o menys intens amb un territori. El terme, tanmateix, presenta dificultats conceptuals: d’una banda, en la mesura que el significat precís del terme nació és objecte també de controvèrsies. De l’altra, hom tendeix a confondre (de vegades deliberadament) el terme amb altres de similars, com ara minoria ètnica o grup ètnic, o minoria religiosa (tot i que l’ètnia, la religió, com també la llengua o l’adscripció al territori hi solen tenir un pes determinant) o fins i tot a equiparar-lo a diferències ideològiques, d’opinió, etc. En temps més recents la intensificació dels fenòmens migratoris i l’establiment en molts estats de grups considerablement aïllats centrats en la identitat d’origen ha contribuït a generar més confusió.
Des del segle XIX l’existència de les minories nacionals ha estat amenaçada per la construcció dels estats moderns. Aquesta precarietat prové del fet que pràcticament cap estat actual no ha sorgit en un territori nacionalment o identitàriament uniforme: casos com el d’Islàndia o el d’alguns microestats insulars serien en aquest sentit excepcionals. Les diferències a l’interior de l’estat són percebudes per part de les elits dirigents i de la població hegemònica com un element d’afebliment i desestabilització en potència que cal combatre o, en tot cas, limitar dràsticament. Per tal de garantir la cohesió i el funcionament de l’aparell burocraticoadministratiu, els estats sorgits de les revolucions burgeses (o els seus succedanis) han tendit a la uniformització dels ciutadans a través de la imposició d’una única identitat (lingüística, cultural, religiosa, ètnica, etc.). La via més freqüent per a assolir aquest objectiu ha estat i és l’assimilació, sovint forçosa, combinada amb algun tipus de retribució associada a l’adopció de la identitat hegemònica. L’escolarització, la fragmentació i l’annexió territorials, l’administració, l’exèrcit o la justícia han estat els principals instruments d’aquestes polítiques. En casos més extrems, l’estat recorre a polítiques d’anihilament físic (genocidi) o a una marginació sistemàtica d’aquestes minories. El colonialisme europeu del segle XIX i la primera meitat del segle XX partí d’un ordenament discriminatori envers la població colonitzada, però en esdevenir les colònies estats independents (a partir de les divisions territorials de les antigues metròpolis, basades en darrer terme en criteris militars), la problemàtica de les minories nacionals s’ha reproduït en tots ells, de vegades amb una virulència inusitada.
Arran dels diversos genocidis perpetrats durant les grans guerres i de la difusió dels drets humans, la persecució de les minories nacionals ha cessat de ser duta a terme obertament en molts estats o, en tot cas, intenta justificar-se adduint motius de seguretat nacional, terrorisme, etc. Alguns estats reconeixen constitucionalment els drets de les minories, bé que moltes vegades el reconeixement no va més enllà d’una declaració d’intencions; en l’àmbit internacional, tant el dret del mateix nom com l’ONU han procurat la protecció d’aquestes minories. El Consell d’Europa adoptà el 10 de novembre de 1994 el Conveni Marc per a la Protecció de les Minories Nacionals, que entrà en vigor l’1 de febrer de 1998. El 2020 l’havien ratificat trenta-nou estats i quatre l’havien signat. França, Andorra, Mònaco i Turquia se’n mantenien al marge. Les disposicions del Conveni són d’una gran laxitud en la mesura que no estableixen cap definició precisa de minoria nacional, que deixa a l’arbitri dels estats signataris. Així, per exemple, l’Estat espanyol només reconeixia com a minoria nacional els gitanos, i n’excloïa catalans, bascos i gallecs.