El Tractat de Maastricht instituí en un quadre institucional únic —la Unió Europea— una estructura fonamentada en tres pilars: les Comunitats Europees, la Política Exterior i de Seguretat Comuna (PESC) i la cooperació en els àmbits de la justícia i d’interior. La Política Exterior i de Seguretat Comuna cobreix tots els dominis de la política estrangera i de seguretat i comprèn la definició d’una política de defensa basada en posicions comunes que es fan valer en el si de les organitzacions i conferències internacionals, i una acció comuna que permet mobilitzar les finances de la Unió. El Tractat d’Amsterdam, que entrà en vigor l’any 1999, reformà el Tractat de Maastricht i sumà dues innovacions en matèria de Política Exterior i de Seguretat Comuna. En primer lloc, instituí un alt representant per a la PESC com a veu comuna d’Europa, encarregat de promoure els treballs i de ser-ne el garant per a la seva continuïtat. El primer alt representant fou Javier Solana, fins aleshores secretari general de l’OTAN, elegit durant el Consell Europeu de Colònia el 4 de juny de 1999. En segon lloc, el tractat aportà una Unitat de Planificació de la Política d’Alerta Ràpida (UPPAR), estructura que té per objectiu reforçar la coherència de l’acció exterior de la Unió, la qual ha de tenir un paper determinant en la fixació de les seves prioritats estratègiques. Es posà en pràctica per primera vegada durant la tardor del 1999. La PESC es regeix per unanimitat exceptuant les qüestions de procediment (majoria simple) i les decisions d’acció i posició comunes i l’establiment de les estratègies comunes (majoria qualificada). A partir del Tractat d’Amsterdam, les institucions i els òrgans de la PESC comuns als altres dos pilars de la Unió Europea són: el Consell Europeu, que defineix els principis i les orientacions generals de la PESC i estableix les estratègies comunes creades en el tractat; el Consell, que és la instància decisòria en la definició de la PESC i de la seva posada en pràctica sota la base de les orientacions generals del Consell Europeu; la Comissió, que malgrat no tenir el monopoli d’iniciativa el comparteix amb els estats membres; la Presidència, que bàsicament té la funció de representació davant de països tercers i de les organitzacions internacionals, i alhora s’encarrega de posar en pràctica les decisions de la PESC, i finalment el Secretariat General del Consell, que assisteix la Presidència en la conducta i el seguiment del treball. Pel que fa a institucions i òrgans específics, inclou: el comitè polític, que contribueix a la definició de les polítiques d’acord amb les intencions del consell; els corresponsals europeus, caps de servei de la PESC dels quinze estats membres; els grups de treball, que reuneixen els experts en qüestions sectorials o territorials, i els consellers PESC, formats per consellers de les representacions permanents i encarregats de la preparació de les decisions de la PESC segons criteris jurídics i pressupostaris i l’establiment de la xarxa COREU, que permet la difusió d’informació exclusivament sobre la PESC entre les diferents capitals. El 2002 la UE feu un primer pas per a dotar-se d’uns efectius militars propis: hom signà (prèviament a la retirada dels respectius vetos de Grècia i Turquia) un acord de cooperació militar entre l’OTAN i la UE, en el marc del qual es creà, el 2003, una forçà de reacció ràpida que tingué la seva primera missió als Balcans (Macedònia). Posteriorment (2004), les forces de la UE substituïren les de l’OTAN a Bòsnia i Hercegovina. També s’avançà vers una més gran integració dels cossos policials amb la creació, el 2004, de la Força de Gendarmeria Europea (Eurogendfor), destinada a actuar en zones que haguessin patit un enfrontament militar. Al juny del 2004 Javier Solana renovà el mandat al capdavant de la Política Exterior i de Seguretat Comuna.