Una sèrie de dificultats inicials retardaren l’establiment definitiu de la nova comunitat fins el 1114, que el comte de Barcelona i el bisbe de Girona els confirmaren la possessió de l’església del castell. A mitjan segle XII reedificaren l’església del castell, de la qual resta la capçalera, amb tres absis i el transsepte, rica d’ornamentació escultòrica. La desaparició de l’antiga canònica de Santa Maria la Vella feu que la nova casa n'heretés els antics béns, entre aquests l’església parroquial de Sant Vicenç, refeta també al segle XII. La comunitat de Besalú tingué força vitalitat als segles XII i XIII; al segle següent inicià un període d’estancament, que acabà amb la secularització del 1592. El bisbe de Girona intentà d’unir els seus béns al seminari de Girona, i Roma els cedí a l’ardiaca de Vic. Una sèrie de plets feren que l’antiga canònica subsistís com a col·legiata fins al segle XIX, per bé que sense gens de vitalitat i amb el culte traspassat a l’església de Sant Vicenç.
Vista de l’església de Santa Maria de Besalú
© Fototeca.cat
Canònica augustiniana, filial de Sant Ruf d’Avinyó, creada a l’església del castell comtal de Besalú (Garrotxa) pel comte Bernat II de Besalú el 1086, quan volgué reformar l’antiga canònica aquisgranesa de Santa Maria de Besalú.