Una sèrie de dificultats inicials retardaren l’establiment definitiu de la nova comunitat fins el 1114, que el comte de Barcelona i el bisbe de Girona els confirmaren la possessió de l’església del castell. A mitjan s. XII reedificaren l’església del castell, de la qual resta la capçalera, amb tres absis i el transsepte, rica d’ornamentació escultòrica. La desaparició de l’antiga canònica de Santa Maria la Vella féu que la nova casa n'heretés els antics béns, entre aquests l’església parroquial de Sant Vicenç, refeta també al s. XII. La comunitat de Besalú tingué força vitalitat als s. XII i XIII; al segle següent inicià un període d’estancament, que acabà amb la secularització del 1592. El bisbe de Girona intentà d’unir els seus béns al seminari de Girona, i Roma els cedí a l’ardiaca de Vic. Una sèrie de plets feren que l’antiga canònica subsistís com a col·legiata fins al s. XIX, per bé que sense gens de vitalitat i amb el culte traspassat a l’església de Sant Vicenç.