Fill de Joan II, menystenint els drets de l’hereu Carles, el nomenà (1458) duc de Montblanc, comte de Ribagorça i senyor de Balaguer, a Catalunya, i comte d’Agosta (1458-66) i senyor de Casale di Melilli, a Sicília. En morir el seu germà Carles de Viana (1461), fou jurat primogènit del regne d’Aragó (Calataiud) i lloctinent general de Catalunya, sota la tutoria de Joana Enríquez, i després primogènit de Catalunya (Lleida); alhora rebé el principat de Girona i noves rendes i terres a Sicília (senyoria de Piazza Armerina i Caltagirone, ducat de Noto, entre d’altres), en un intent de convertir-lo en primogènit d’aquell regne, cosa que s’esdevingué el 1464.
En iniciar-se la guerra civil catalana (juny de 1462), fou declarat enemic i fou desposseït dels drets de successió. Fou al llarg d’aquesta contesa que acomplí els primers actes polítics i militars: comandà l’exèrcit reialista que obtingué, a Calaf (1465), la victòria sobre les tropes del rei Pere IV el Conestable; dirigí la campanya, no victoriosa, de l’Empordà (1467) contra Joan de Lorena, i conquerí Berga (1468).
En assolir la majoritat (octubre del 1466), prengué possessió del càrrec de governador general de Catalunya-Aragó. Per tal d’endegar millor els afers polítics a la Mediterrània i de frenar-hi el poder dels Anjou, Joan II el nomenà (juny del 1468) rei i corregent de Sicília, bé que el seu govern efectiu sobre l’illa fou, fins el 1474, molt problemàtic. En morir l’infant Alfons de Castella (juliol del 1468) i ésser reconeguda la infanta Isabel, germana d’Enric IV, hereva d’aquell regne, Joan II posà en joc tota la seva habilitat per tal d’aconseguir el matrimoni de Ferran amb la princesa castellana. A Cervera (5 de març de 1469) hom arribà a un acord, poc favorable i humiliant per al primogènit de Catalunya-Aragó, en virtut del qual hom pactava el matrimoni de Ferran i Isabel; les noces se celebraren a Valladolid per l’octubre d’aquell mateix any.
A partir d’aleshores, Ferran es convertí en cap d’un dels grups que volien assolir el govern de Castella i es desentengué dels afers catalans i sicilians; el 1473, però, hagué de socórrer Joan II, en difícil situació al Rosselló. En morir Enric IV de Castella (desembre del 1474), Isabel fou proclamada reina pels seus seguidors, menystenint els possibles drets de la infanta Joana, dita la Beltraneja, sostinguda per Portugal. Ferran, després de minucioses discussions amb la recelosa noblesa castellana, aconseguí (gener del 1475) ésser reconegut rei de Castella amb les mateixes atribucions que Isabel. La guerra civil castellana centrà, fins el 1479 (pau d’Alcáçovas), l’atenció política del nou monarca, el qual contribuí d’una manera definitiva, sobretot amb la victòria (1476) de Paleagonzalo (Toro), a l’èxit de la causa isabelina.
La mort de Joan II (gener del 1479) el convertí en rei de Catalunya-Aragó, en un moment que el Principat era en una difícil situació política i econòmica. Durant la breu estada que feu a Catalunya amb motiu de la mort del seu pare, nomenà una tretzena per a projectar la restitució dels béns que durant la guerra civil havien canviat de mans i endegar la reforma de la generalitat, i derogà les capitanies reials atorgades per Joan II. L’any següent convocà la cort de catalans, inaugurada a Barcelona sota la seva presidència (novembre del 1480). Seguint les seves directrius, aquesta aprovà la Constitució de l’Observança, que definia la generalitat i l’audiència reial com a organismes encarregats de vetllar pel compliment de l’ordre institucional del país. La cort decidí també, fracassada la gestió dels tretze comissionats, la restitució dels béns, el reconeixement del deute públic contret per la generalitat durant la contesa i la concessió al sobirà de cent mil lliures per tal de compensar els qui havien restat fidels a la monarquia. Aconseguí també que la cort aprovés mesures proteccionistes per al comerç i la indústria catalana (hom les ha qualificades com les primeres disposicions mercantilistes a Espanya).
Malgrat aquestes reformes, ben aviat els errors polítics de Ferran tornaren a enrarir l’ambient polític i social del Principat. En virtut de la constitució Com per lo senyor (octubre del 1481), hom restablí els mals usos i la remença, anul·lats per Alfons IV el 1455, la qual cosa comportà un nou alçament dels remences, que no s’acabà fins que el sobirà, canviant de política, promulgà la famosa sentència arbitral de Guadalupe (abril del 1486), que abolí els mals usos i donà la llibertat als remences. L’altre error important de Ferran II, amb relació a Catalunya, fou la introducció de la inquisició anomenada castellana (1487), malgrat que al Principat no hi havia cap problema amb els conversos. La inquisició provocà la fugida de capitals i de mà d’obra qualificada. La intervenció autoritària i antidemocràtica del rei en les reformes de la generalitat, a través del cop d’estat del 1488 i de l’establiment de la insaculació (1493), i del municipi barceloní, mitjançant el cop d’estat del 1490 i la introducció, també, del règim d’insaculació, ha estat valorada d’una manera molt diversa per la historiografia, però avui hom se sent inclinat a creure que l’intervencionisme reial fou l’única manera de posar fi als abusos polítics dels estaments privilegiats del país en el govern d’ambdues institucions i de frenar-ne el creixent deute públic.
A partir del 1492, coincidint amb un canvi de signe de la conjuntura europea, l’economia catalana, ajudada per algunes mesures reials (acabament de la crisi social agrària, sanejament de la moneda, reducció del dèficit de les institucions públiques, protecció a l’agricultura, enfortiment del comerç, proteccionisme industrial, reforma institucional), experimentà un notable recobrament. En l’aspecte polític, aconseguí que Carles VIII de França li restituís el Rosselló i la Cerdanya (tractat de Barcelona del 1493), en canvi de no interferir als plans del sobirà francès sobre el regne de Nàpols. Ferran II, però, s’oposà a l’entrada de Carles VIII en aquell regne (1495) amb la formació de la Lliga Santa, i el 1500 es dividí, amb Lluís XII, el regne de Nàpols, que pocs anys després (1504), gràcies a les brillants accions de guerra de Gonzalo Fernández de Córdoba y de Herrera, el Gran Capità, fou conquerit per Ferran II.
A Castella, en vida d’Isabel, tingué un paper primordial en la guerra de Granada, acabada amb èxit el 1492, i en l’organització de la conquesta de les illes Canàries (1484-96); però, contràriament, la iniciativa correspongué a Isabel en la introducció de la inquisió (1481) i en l’expulsió dels jueus (1492). Es fa difícil de destriar la intervenció de Ferran en l’empresa colombina, bé que fou molt activa. La mort d’Isabel I (novembre del 1504) significà la fi del regnat de Ferran a Castella. Bé que, en virtut del testament d’Isabel, restava com a governador, l’oposició d’importants sectors de la noblesa l’obligà a deixar Castella (1506) en profit del seu gendre Felip el Bell. En morir aquest, Ferran fou cridat novament a Castella (1507), on acomplí encara accions brillants, com la incorporació de Navarra, el 1515.
D’altra banda, havia conquerit Orà (1509), Bugia (1510) i Trípoli (1510, incorporat al regne de Sicília fins el 1528), però la seva política internacional, sobretot la de predomini a Itàlia, restà frenada per les ambicions de Francesc I de França. El 1512 incorporà a Catalunya les possessions catalanes dels comtes de Foix. Es casà en segones núpcies amb Germana de Foix (1505), unió de la qual nasqué un fill, Joan, que hauria estat, si no s’hagués mort aviat (1509), l’hereu de Catalunya-Aragó.
La política de Ferran II al Regne de València tingué un caràcter absolutista molt definit: control del municipi i de la generalitat, negativa a convocar-hi cort (només es reuniren dues vegades en 1484-89 i el 1510). D’altra banda, no aconseguí de reduir el deute públic del municipi de València i de la generalitat ni de tenir ben fornit de blat el regne. La seva política lliurecanvista (ordre del 1493 concedint llibertat als estrangers d’establir-se i comerciar a tot el regne) no fou tampoc gens beneficiosa per a la indústria i el comerç valencià, que perderen, a la fi de la centúria, el cert predomini que havien assolit anteriorment en relació amb el Principat.
Si curta fou l’estada de Ferran II a Barcelona (només en sis ocasions: 1479; 1480-81; 1492-93; 1495; 1503 i 1506), a Mallorca no hi anà ni una sola vegada. Aquesta manca d’interès pels afers mallorquins —bé que el 1499 promulgà l’anomenada pragmàtica de Granada, que tenia per objecte la reestructuració política, econòmica i administrativa del regne— tingué com a conseqüència un balanç absolutament negatiu: augmentà el deute públic de les institucions més importants, s’acresqué l’abisme entre el camp i la ciutat i entre els senyors i els camperols, i el comerç, esplendorós en d’altres èpoques, experimentà també un retrocés molt notable. Hom pot adonar-se, doncs, que la política de redreç acomplerta per Ferran II, que hom ha elogiat tant a partir dels estudis de Jaume Vicens, només tingué resultats positius a Catalunya, però fou inoperant i negativa als altres regnes de la confederació.
En el seu testament, nomenà hereva de Catalunya-Aragó la seva filla Joana I, reina de Castella des de la mort d’Isabel I, i governador el seu net Carles. Casà la filla gran Isabel amb el príncep Alfons de Portugal (1490), primer, i amb el seu germà Manuel, rei de Portugal, després (1497); el seu fill Joan, príncep de Girona, es casà amb Margarida d’Àustria (1497), la seva filla Joana, amb Felip d’Àustria (1496), fill també, com Margarida, de l’emperador Maximilià I; la seva filla Maria es casà amb Manuel I, rei de Portugal (1500), vidu, dos anys abans, d’Isabel, i, finalment, la seva filla Caterina (1501), amb Artur d’Anglaterra, príncep de Gal·les, i, en morir aquest, amb el seu germà Enric, futur Enric VIII (1509).
Bé que Ferran es dedicà intensament als afers castellans, sovint amb èxit, la seva política no fou benvista per amplis grups de la noblesa de Castella i per alguns sectors de la historiografia nacionalista castellana, que ha procurat de minimitzar, en profit d’Isabel, la seva actuació en aquell regne. Per contra, Maquiavel (que el prengué com un dels models d’El príncep), Gracián, Zurita, Saavedra Fajardo i Sandoval, entre d’altres, afirmaren l’excepcional importància de la seva obra política. La literatura historiogràfica antiferrandista ha tingut també una gran volada a Catalunya (Antoni de Bofarull, Salvador Sanpere i Miquel, Teodor Creus, Francesc de Bofarull, Josep Pella i Forgas, Elies Serra i Ràfols i Ferran Soldevila). Molts d’ells acusaren Ferran II d’haver contribuït a la castellanització de Catalunya i fins i tot d’haver-la volgut imposar de forma deliberada. Per contra, des dels anys trenta, Jaume Vicens i Vives i alguns dels seus deixebles i col·laboradors han contribuït, amb bases científiques molt sòlides, a reivindicar l’actuació política de Ferran II, reivindicació que actualment hom tendeix a matisar.