Té com a entitat matriu el Banco Financiero y de Ahorros i, de fet, no començà a operar amb el nom de Bankia fins el març del 2011. Fou el resultat de la integració mitjançant un SIP (Sistema Institucional de Protecció) de set caixes d’estalvis d’àmbit estatal espanyol liderades per Caja Madrid, la qual, en entrar en vigor la nova entitat, hi tenia un pes del 52% dels actius. Les altres entitats eren: Bancaixa (37,70%), Caja de Canarias (2,45%), Caja de Ávila (2,33%), Caixa d’Estalvis Laietana (2,11%), Caja Segovia (2,01%) i Caja Rioja (1,34%). La seu social és a València i la seu operativa a Madrid. Rodrigo Rato Figaredo en fou elegit president en l’etapa inicial. El gener del 2011 els seus actius eren de 328.000 milions d’euros. El juliol d’aquest any anuncià la seva sortida a borsa.
El maig del 2012 Rodrigo Rato dimití el càrrec sobtadament, i el substituí José Ignacio Goirigolzarri, poc després que les autoritats espanyoles (Banc d’Espanya i govern) fessin públic un pla de viabilitat de l’entitat, que es trobava en un estat de pràctica fallida a causa del gran nombre d’actius immobiliaris de dubtosa o nul·la solvència. Així, al final del 2011 els actius fallits eren de 1.748 milions d’euros, i sobre un total de 37.500 milions d’euros invertits en el sector immobiliari, més de 10.500 milions corresponien a crèdits dubtosos i prop de 7.300 milions estaven en risc d’impagament.
El pla de sanejament del govern, impulsat a instàncies de la Unió Europea i del Fons Monetari Internacional, incloïa una injecció a l’entitat d’entre 7.000 i 10.000 milions d’euros a través del FROB, cosa que a la pràctica significava la nacionalització del 100% de l’entitat. L’Estat, a més, posà en circulació ajudes públiques a l’entitat en forma de bons contingents convertibles. Per les seves dimensions, la fallida de Bankia fou la més greu del sistema financer espanyol a conseqüència dels actius immobiliaris sobrevalorats, i el rescat de l’entitat s’estimà, finalment, en més de 22.000 milions d’euros.
El juliol del 2012 més de trenta directius de l’entitat, entre els quals figurava el seu expresident Rodrigo Rato, foren imputats per estafa i altres delictes financers. El febrer del 2014 l’Estat començà la sortida esglaonada de Bankia. A l’octubre es descobrí l’afer de les anomenades targetes opaques, a través de les quals gran part de la cúpula de Caja Madrid n’havia sostret importants quantitats de manera fraudulenta. El febrer del 2017, l’Audiència Nacional condemnà els màxims responsables, Rato i Miguel Blesa, a 6 i 4 anys i mig de presó, respectivament.
El gener del 2016 el rebuig del Tribunal Suprem a dos recursos contra unes sentències decretant la nul·litat de les ordres de subscripció d’accions impulsà la investigació sobre la informació presumptament no veraç relativa a la solidesa de l’entitat subministrada arran de la seva sortida a borsa. El novembre del 2018 s’inicià a l’Audiència Nacional el judici per la sortida a borsa de Bankia, en el qual estaven formalment acusats quatre directius, entre els quals hi havia l’expresident Rodrigo Rato i l’exvicepresident José Luis Olivas. La sentència de l’Audiència Nacional (setembre del 2020) els absolgué en considerar que no hi havia hagut ni ocultació ni falsejament d’informació.
El març del 2018 el FROB aprovà la fusió de Bankia i Banco Mare Nostrum SA, amb l’objectiu de recuperar els ajuts públics (uns 24.000 milions d’euros), operació que es dugué a terme el mes de juny.
El setembre del 2020 els consells d’administració de CaixaBank i Bankia aprovaren la fusió de tots dos bancs, que es materialitzà el 26 de març de 2021. En el banc resultant de la fusió, el més gran de l’Estat espanyol, el pes de Bankia representà vora el 25%, enfront del 75% de CaixaBank. Quant a l’accionariat, en la fase inicial un 30% correspongué a la Fundació Bancària “la Caixa” i al voltant del 15%, a l’Estat.