Fou deixeble d’Aristòtil al Liceu després d’haver iniciat una formació d’ordre pitagòric. En no succeir el seu mestre en aquesta entitat, decidí de crear una escola pròpia. La seva obra ha estat molt mal tractada pel temps ja que tan sols han pervingut fragments d’alguns dels prop de 450 escrits que hom creu que redactà, entre els quals hi havia textos filosòfics i històrics (vides, resums de doctrines passades, etc.), tot i que els de teoria de la música (filosofia i música) són els que li donaren més renom ja en l’antiguitat. No se’n conserva cap de complet. Existeixen fragments extensos de tres llibres del seu tractat de teoria harmònica, Elementa Harmonica, i parts del segon llibre d’un tractat sobre rítmica, Elementa rythmica, probablement una de les primeres reflexions sistemàtiques sobre aquest tema. El Perí Harmonike´, considerada la seva obra més important, inaugura una forma de fer teoria musical diferent de la pitagòrica, la més present fins aleshores. Tota la musicografia posterior (Porfiri, Aristides, Ptolemeu, etc.) s’hi referí, d’una manera o altra. L’empremta del pensament d’Aristòtil és molt present en el text d’Aristoxen: en la idea de com s’ha de constituir un saber, en la relació amb els antecedents teòrics, en el vocabulari. Però, probablement, allò pel que s’ha associat més aquests dos pensadors és per la idea que l’experiència concreta i individual de la música ultrapassa la mera expressió numèrica, representada pel pitagorisme, ja que aquesta no transmet sentiment ni experiència musical.