Fill d’Alfons Carles Comín, es llicencià en filosofia i en ciències polítiques per la Universitat Autònoma de Barcelona i cursà un postgrau en humanitats i cursos de doctorat a la Universitat Pompeu Fabra. Professor a l’ensenyament secundari (1997-2003), el 2001 s’incorporà com a docent al Departament de Ciències Socials d’ESADE. Actiu en els moviments altermundistes, fou membre de la junta rectora de Ciutadans pel Canvi (2006-10) i participà en campanyes per a la reforma de la llei electoral a Catalunya i la reforma federal de la Constitució espanyola. Fou diputat pel Partit dels Socialistes de Catalunya (PSC-PSOE) al Parlament de Catalunya (2004-10), partit en el qual milità entre els anys 2011 i 2014. Col·laborador en la premsa diària i en altres mitjans de comunicació, és autor o coautor de llibres sobre solidaritat, cooperació i polítiques d’igualtat. Diputat al Parlament de Catalunya per Junts pel Sí en les eleccions del 27 de setembre de 2015, el gener del 2016 fou nomenat conseller de Salut del govern presidit per Carles Puigdemont .
Fou cessat pel govern espanyol el 27 d’octubre de 2017 en aplicació de l’article 155 de la Constitució espanyola després del Referèndum de l’1 d’octubre, i acusat de sedició, rebel·lió i malversació per l’Audiència Nacional. Exiliat a Brussel·les juntament amb el president Carles Puigdemont i tres consellers més, el 3 de novembre de 2017 la jutgessa de l’Audiència Nacional dictà contra ells una euroordre de detenció, retirada al desembre i reactivada el març del 2018 pel jutge instructor del Tribunal Suprem Pablo Llarena. Fou elegit diputat com a independent per ERC en les eleccions al Parlament de Catalunya del 21 de desembre de 2017. El juliol del 2018 Llarena retirà l’euroordre després que la justícia belga hagués denegat l’extradició dels polítics exiliats. A l’octubre esdevingué coordinador del Consell per la República, un organisme privat impulsat des del govern a l’exili a Waterloo (Bèlgica) i presidit per Carles Puigdemont destinat a internacionalitzar la causa de l’autodeterminació i la independència de Catalunya.
Renuncià l’escó al Parlament de Catalunya al gener de 2019 i fou elegit diputat al Parlament Europeu en les eleccions del 26 de maig, juntament amb Carles Puigdemont, per la coalició Lliures per Europa. A petició del Tribunal Suprem espanyol els escons de tots dos foren suspesos provisionalment al juliol. Al novembre el jutge instructor dictà la tercera euroordre (de la qual retirà l’acusació de rebel·lió). El 19 de desembre, en resposta a una pregunta del Tribunal Suprem espanyol sobre la immunitat del també eurodiputat Oriol Junqueras, el Tribunal de Justícia de la Unió Europea reconegué indirectament la condició d’eurodiputats de Puigdemont i Comín, els quals ocuparen l’escó el 13 de gener de 2020, amb la incògnita de la seva continuïtat per la presentació d’un suplicatori del Tribunal Suprem a l’Eurocambra demanant-ne la retirada de la immunitat. El 9 de març de 2021 el Parlament Europeu li retirà la immunitat parlamentària, però continuà exercint com a diputat al Parlament Europeu fins el juliol del 2024, com a membre del grup dels no inscrits, i formà part, entre altres organismes, de la Comissió de Desenvolupament i de la Comissió Especial sobre la Lluita contra el Càncer.
Fou vicepresident del Consell de la República fins el novembre del 2024 i el febrer del 2025 es presentà a les eleccions a la presidència de l’organisme, en les quals quedà en tercer lloc.
En les eleccions al Parlament Europeu del 9 de juny de 2024 encapçalà la candidatura de Junts per Catalunya i fou reelegit eurodiputat. Tanmateix, no pogué ocupar l’escó perquè no comparegué davant la Junta Electoral Central per acatar la Constitució espanyola, atesa l’ordre de detenció que pesava sobre ell. L’escó fou declarat temporalment vacant, però no hi renuncià.
El 30 de maig de 2024 el Congrés dels Diputats aprovà definitivament la llei d’amnistia, que entrà en vigor l’11 de juny. Inicialment, el Tribunal Suprem considerà que la llei no era aplicable al delicte de malversació que se li atribuïa. L’octubre del 2026, arran d’una resolució del Tribunal Constitucional que avalava l’aplicació de l’amnistia a aquest delicte, el magistrat Pablo Llarena deixà sense efecte les ordres de cerca, captura i detenció contra Toni Comín, Carles Puigdemont i Lluís Puig. La decisió fou ratificada el 19 d’octubre, sense que comportés el sobreseïment definitiu de la causa judicial.
El 22 d’octubre de 2026 viatjà a Madrid, on comparegué davant la Junta Electoral Central, prometé la Constitució per imperatiu legal i obtingué la credencial d’eurodiputat, condició que el Parlament Europeu li reconegué amb efectes des del mateix dia. El 25 d’octubre retornà a Catalunya pel coll de Belitres, després de gairebé nou anys d’exili a Bèlgica.