Comprèn quatre unitats diferents: una factoria grega establerta a l’antic illot on avui hi ha el poble de Sant Martí d’Empúries, que els mateixos grecs, quan ja havia estat fundada la ciutat de terra ferma, anomenaren Palaiapolis (‘ciutat vella’), dita avui pels arqueòlegs Paleàpolis d’Empúries, una ciutat grega al costat de la platja, avui gairebé totalment excavada, que ha estat anomenada modernament Neàpolis (‘ciutat nova’), un poblat indígena dels indigets, creat arredossat a Neàpolis i que sembla que s’anomenà Indikḗ, les ruïnes del qual no han estat localitzades, i una ciutat romana que sorgí després de l’ocupació romana, durant els segles II i I aC, al costat de la Neàpolis grega i que durant l’Alt Imperi fou el centre urbà important. L’origen d’Empúries va lligat a la colonització marítima de l’arc nord de la Mediterrània occidental duta a terme pels grecs. Vers l’any 600 aC fou fundada Massalia (Marsella) pels foceus, i al cap de poc temps els mateixos foceus establiren la factoria de Paleàpolis aprofitant les condicions de seguretat davant els indígenes que els oferia la petita illa de Sant Martí d’Empúries, avui unida a terra. L’establiment de la platja (Neàpolis) fou fundat al cap de poc, de manera que ja existia abans del 550 aC, i anà prenent el caràcter d’una petita ciutat, defensada de manera natural pel curs del Fluvià, que desemboca al nord (antigament molt a prop del grauet d’Empúries), i del Ter, que, abans d’ésser desviat durant l’edat mitjana, desembocava al sud. Aquesta nova Empúries és, per ara, l’única ciutat grega de l’Extrem Occident —a l’oest d’Itàlia— de la qual hom pot conèixer l’aspecte, puix que ha estat excavada intensament.
La ciutat fou emmurallada pels tres cantons de terra i tenia una única porta d’entrada. Al centre hi havia una petita plaça, l’àgora, i un dels barris extrems era la zona dels temples, on el 1909 fou trobada l’estàtua d’Asclepi o Esculapi, trasllada al Museu d’Arqueologia de Barcelona i retornada el 2008. Empúries encunyà moneda des del segle V aC, i a la fi del IV o principi del III aC entrà en el sistema de la dracma. Les dracmes emporitanes foren imitades pels indígenes de diversos punts de Catalunya, i tingueren un paper decisiu en la introducció de l’economia monetària al país.
© MAC-Empúries
Malgrat que algunes encunyacions de dracmes emporitanes amb tipus cartaginesos fan sospitar que, si més no un quant temps, Empúries tingué bones relacions amb el món púnic, durant la segona guerra púnica Empúries feu costat als romans. Quan Roma planejà la contraofensiva per a defensar-se de la invasió d’Anníbal, Empúries fou elegida com el lloc de desembarcament de l’exèrcit expedicionari romà enviat a la península Ibèrica (218 aC) i serví de primera base romana, talment com després (195 aC) representà el mateix paper respecte a l’exèrcit romà comandat per Cató, que eliminà els darrers focus de resistència indígena antiromana. La nova època dugué la instal·lació, durant la primera meitat del segle II aC, d’un praesidium romà al costat de la ciutat grecoibèrica que, a la fi del segle s’havia convertit en una ciutat d’unes 20 ha, de planta regular, emmurallada i amb un gran fòrum central. Bé que Juli Cèsar hi creà una colònia, no es mantingué, car durant tota l’època romana tingué categoria de municipi amb el nom d’Emporiae, en plural indicant que comprenia els nuclis preromans, el grec i l’indígena, i el romà, nou. Durant l’imperi Romà Empúries continuà essent una ciutat destacada, però perdé el paper de primer pla que havia tingut, davant la importància de Tàrraco i d’altres ciutats romanes de Catalunya, i el seu perímetre urbà es reduí considerablement. Fou una de les víctimes de la gran crisi del segle III dC, arrasada per les invasions dels alamans i els francs de la primeria de la segona meitat del segle, i ja no es refeu del tot mai més. La vida urbana, de fet no continuà, encara que fos habitada en un petit nucli i que hi existís una comunitat cristiana, que eregí una basílica paleocristiana, excavada. Fou seu episcopal a l’època visigòtica del bisbat d’Empúries. Es despoblà després, de manera que durant els temps carolongis la capital comarcal i el nom passà a Castelló d’Empúries.
Les excavacions començaren el 1907 i foren planejades d’una manera sistemàtica, a l’estil de les grans excavacions del Pròxim Orient o del món clàssic, cas únic de la península Ibèrica. Foren iniciades per Josep Puig i Cadafalch i han estat dutes a terme primerament per la Junta de Museus de Barcelona, després pel servei d’Excavacions Arqueològiques de l’Institut d’Estudis Catalans, i, després del 1940, pel Museu Arqueològic de Barcelona. Posteriorment, en les excavacions realitzades els anys setanta i sobretot a partir del 1982 per l’equip dirigit per Enric Sanmartí i Grego, centrats en la Neàpolis i la ciutat romana posaren al descobert importants aportacions. Amb relació a la primera, hom descobí a l’extrem meridional importants sectors de la muralla grega, datada als segle IV i III aC, i hom precisà la data de construcció (mitjan segle II aC) de la fortificació ciclòpia coneguda des del principi del segle XX i també fou reconeguda l’evolució dels diferents santuaris entre el segle V aC i l’època imperial. Així mateix, es documentà l’existència d’un barri extramurs a la zona del pàrquing del conjunt monumental. A la ciutat romana s’excavà del fòrum (el 1964 s’iniciaren els treballs d’excavació que finalitzaren el 1999), i posteriorment fou excavada també a la Palaiàpolis, on aparegué un nucli indígena immediatament anterior al primer assentament grec. Quant a la Paiapolis de Sant Martí d’Empúries, les excavacions dutes a terme també al darrer quart del segle XX confirmaren una primera ocupació humana datada a l’edat del bronze final, de la qual no es conserven estructures constructives, però que cal suposar que consistia en cabanes disperses, sense organització urbanística. Una segona fase es pot datar a la primera edat del ferro, més concretament del període 650-580 aC. Li corresponen tres cases subrectangulars de petites dimensions (uns 15 m2), que comparteixen parets mitgeres, la qual cosa suggereix un ús controlat de l’espai i un cert urbanisme. En aquesta fase es documentà l’arribada d’importacions ceràmiques procedents d’Etrúria i, sobretot, de l’àrea fenícia de l’entorn de l’estret de Gibraltar, que en els moments més avançats van acompanyades de les primeres ceràmiques gregues. Per damunt d’aquests nivells es documentaren les primeres cases, molt mal conservades, que es poden relacionar amb la instal·lació colonial focea (és a dir, la Palaià Polis) i que es daten al segon quart del segle VI aC. En aquest moment esdevenen molt freqüents les ceràmiques gregues, sobretot les produccions jòniques. A la ciutat romana foren excavades unes termes.
L’excepcional riquesa arqueològica d’Empúries ha motivat un seguit d’actuacions per a potenciar-ne el coneixement i la difusió entre el gran públic, com el Museu Monogràfic i el Projecte Empúries per a desenvolupar tot el potencial del jaciment (fruit d’un conveni entre la Diputació de Barcelona i el Centre Europeu del Patrimoni el 1991). El 1993 fou constituït l’organisme autònom Conjunt Monumental d’Empúries, s’iniciaren les visites guiades per ‘ciutadans romans’ i es presentaren noves activitats didàctiques. L’any 1994 hi fou creat una escola taller i el 1995 es féu efectiva la transferència del conjunt monumental d’Empúries de la Diputació de Barcelona a la Generalitat de Catalunya, i quedà incorporat al Museu d’Arqueologia de Catalunya. L’any 1997, a partir de nous canvis en la direcció d’aquest organisme, Empúries recuperà autonomia i direcció pròpia. L’any 1992, en ocasió de la celebració dels Jocs Olímpics a Barcelona, Empúries fou l’emplaçament elegit per a rebre-hi la flama olímpica.
Al juny de 2010, s’inaugurà la intervenció sobre el fòrum romà que ha permès conservar els elements originaris, refer algunes estructures per tal de facilitar la comprensió al públic i recondicionar l’espai per a la visita, d’acord amb la rellevància històrica d’aquest sector de la ciutat romana. A l’àrea religiosa, delimitada per un criptopòrtic, es restaurà el podi del temple principal i es desmuntaren les reconstruccions errònies fetes en els anys setanta dels dos templets secundaris situats als extrems. Al sector de tabernae es restauraren els paviments de mosaic, i es reconstruí el porticat de l’ambulacre i recuperà el desnivell entre aquest i la plaça, entre altres actuacions.