Es formà per a concórrer a les eleccions al Parlament de Catalunya del 21 de desembre de 2017, convocades pel president del govern espanyol arran de l’aplicació de l’article 155 de la Constitució espanyola que intervenia la Generalitat de Catalunya. Descartada la possibilitat de reeditar la coalició Junts pel Sí, el president Carles Puigdemont elaborà una candidatura que, tot i ser integrada en bona part per membres del PDeCAT, donava un protagonisme indiscutible a candidats independents. Registrada el novembre del 2017 i encapçalada pel mateix Puigdemont, la candidatura es proposava la restitució del govern descavalcat per l’aplicació de l’article 155, la derogació d’aquest article i prosseguir l’aplicació del mandat democràtic resultat de les eleccions del 27 de setembre de 2015 i del Referèndum de l’1 d’octubre.
Obtingué el 21,6% dels vots i 34 escons, i se situà com a primera força del bloc independentista i segona al Parlament. D’entre els electes, Carles Puigdemont, Clara Ponsatí i Lluís Puig es trobaven exiliats a Brussel·les i sobre ells els tribunals espanyols dictaren ordres de detenció, i Jordi Sànchez, Joaquim Forn, Josep Rull i Jordi Turull foren empresonats en règim preventiu (els dos darrers en llibertat condicional com a investigats poc abans de la celebració dels comicis). Aquestes condicions, agreujades pels impediments posats per la judicatura espanyola, complicaren les negociacions per a la formació de govern. El gener del 2018, Forn, Ponsatí i Puig renunciaren l’escó, i al maig es formà un govern de coalició JxCat-ERC presidit per Quim Torra (independent per JxCat). Al juliol el jutge instructor suspengué Puigdemont, Sànchez, Turull i Rull com a diputats. Finalment Torra fou elegit president de la Generalitat el maig del 2018.
En les eleccions generals espanyoles del 29 d’abril de 2019, JxCat obtingué 7 diputats i 2 senadors. Dels electes, Jordi Sànchez, Jordi Turull i Josep Rull es trobaven en presó preventiva fins l’octubre del 2019, que el Tribunal Suprem els condemnà a penes d’entre 9 i 13 anys de presó en el judici pel Referèndum de l’1 d’octubre. Després del fracàs del PSOE en l’intent de formar un govern de coalició, en les eleccions anticipades del 10 de novembre de 2019, i ara sense presos polítics ni exiliats com a candidats, JxCat obtingué 8 diputats al Congrés (tercera força a Catalunya), amb Laura Borràs com a portaveu.
En les eleccions al Parlament Europeu del maig del 2019, Puigdemont i Comín foren elegits diputats, cosa que els portà a renunciar l’escó al Parlament de Catalunya. La seva situació d’exili a causa de l’encausament judicial a l’Estat espanyol (amb delictes no reconeguts pels tribunals alemanys i belgues) plantejà una controvèrsia sobre la presa de possessió efectiva de l’escó, sobre la qual s’havia de pronunciar el Tribunal de Justícia de la Unió Europea.
Al llarg de la legislatura al Parlament de Catalunya emergiren dins la coalició diferències estratègiques, consistents sobretot en la dicotomia entre confrontació (pacífica i democràtica) o acord amb l’Estat espanyol per a l’assoliment de la independència. Hi tingué també un pes considerable la iniciativa de Carles Puigdemont de convertir la coalició en un partit polític. Aquests dos sectors eren representats, respectivament, pel mateix Puigdemont i pel nucli dur del PDeCAT: David Bonvehí i Marta Pascal, que el juny del 2020 recuperà per a un nou partit fundat per ella el nom de Partit Nacionalista Català. El litigi interposat pel PDeCAT (agost del 2020) per la propietat de la denominació Junts per Catalunya accelerà el divorci entre les dues formacions. Les setmanes següents es produí una onada de baixes de militants del PDeCAT, entre d’altres del mateix Puigdemont, una gran part dels quals passà a formar part del nou partit. El juliol del 2020 s’inicià el congrés fundacional de JxCat com a partit polític, que culminà el 3 d’octubre. Carles Puigdemont i Jordi Sànchez en foren elegits president i secretari general, respectivament. Entre altres aspectes, el congrés aprovà la doble militància amb el PDeCAT (condicionada, però, a una eventual confrontació electoral), l’assoliment del 50% independentista en les eleccions al Parlament de Catalunya com a pas previ per a sol·licitar la mediació de la Unió Europea i la celebració de primàries per a la designació del candidat a la presidència de la Generalitat. El setembre del 2020 el Tribunal Suprem inhabilità Quim Torra com a president de la Generalitat.
En les eleccions anticipades al Parlament de Catalunya celebrades el 14 de febrer de 2021, amb 32 escons JxCat aconseguí el tercer lloc per darrere d’Esquerra Republicana de Catalunya. En la llista per Barcelona, encapçalada per Laura Borràs, figuraven els exiliats Carles Puigdemont i Lluís Puig, president de la Generalitat i conseller, respectivament, abans de l’aplicació de l’article 155.
En el congrés del partit celebrat a Argelers (Rosselló) el 4 de juny de 2022, Laura Borràs i Jordi Turull, que es presentaren en una candidatura única, foren elegits presidenta i secretari general, respectivament. L’octubre del mateix any, arran de les discrepàncies sobre el compliment de l’acord de govern i l’estratègia independentista, Junts sotmeté a consulta dels militants la continuïtat en el govern de coalició amb ERC. El 55,7% dels participants es pronuncià a favor d’abandonar-lo i els consellers del partit deixaren l’executiu, que restà integrat únicament per ERC.
En les eleccions municipals del maig del 2023, la candidatura de Junts encapçalada per Xavier Trias fou la més votada a Barcelona, bé que no aconseguí l’alcaldia, assumida pel socialista Jaume Collboni amb el suport del Partit Popular i Barcelona en Comú. En les eleccions generals del juliol d’aquell any obtingué set diputats al Congrés, encapçalats per Míriam Nogueras. La fragmentació de la cambra atorgà a la formació un paper determinant en la investidura del president del govern espanyol. El 9 de novembre Junts i el PSOE signaren un acord pel qual els diputats del partit facilitaren la investidura de Pedro Sánchez. L’acord preveia la tramitació d’una llei d’amnistia per als encausats pel procés independentista, una negociació sobre el reconeixement nacional i l’autogovern de Catalunya i un mecanisme internacional de verificació. La Llei d’amnistia fou aprovada definitivament pel Congrés el maig del 2024.
En les eleccions al Parlament de Catalunya del 12 de maig de 2024, Junts concorregué amb la candidatura Junts+Carles Puigdemont per Catalunya, encapçalada per Puigdemont. Obtingué el 21,6% dels vots i 35 diputats i esdevingué la segona força de la cambra, darrere del PSC. La pèrdua de la majoria absoluta independentista frustrà la investidura de Puigdemont, i Junts restà a l’oposició al govern presidit pel socialista Salvador Illa. El juny d’aquell any, Josep Rull fou elegit president del Parlament.
En les eleccions al Parlament Europeu del juny del 2024 la candidatura de Junts, encapçalada per Toni Comín, obtingué un escó, bé que l’electe no pogué prendre’n possessió en no haver complert presencialment el tràmit d’acatament de la Constitució davant la Junta Electoral Central. En el congrés celebrat a Calella l’octubre del mateix any, Carles Puigdemont recuperà la presidència del partit, en substitució de Laura Borràs, i Jordi Turull fou reelegit secretari general.
L’octubre del 2025, Junts donà per trencat l’acord d’investidura amb el PSOE, al qual atribuïa incompliments en l’aplicació de l’amnistia, l’oficialitat del català a la Unió Europea i el traspàs de competències en immigració. La decisió fou ratificada pels afiliats i el partit passà a negociar separadament el seu suport a les iniciatives del govern espanyol. El 3 d’agost de 2026 s’incorporà al Partit Demòcrata Europeu, adhesió que no comportà automàticament la integració del seu representant electe en el grup Renovar Europa.