L’erigí el bisbe d’Urgell Ermengol al principi del segle XI, vora el portal de Cerdanya, i la dotà en el seu testament del 1035.
El 1036 era seu d’una canònica i, el 1122, la comunitat, que havia caigut en una certa decadència, es reorganitzà sota la regla augustiniana i la direcció d’un prior. Subsistí fins a la fi del segle XIII que, per raó de la decadència de la comunitat i la ruïna de l’església, fou suprimida pel bisbe Guillem de Montcada (1294-1308), el qual donà la seva dotació a la catedral de Santa Maria de la Seu d’Urgell.
L’església, ruïnosa, fou donada al segle següent als dominicans que erigiren un convent. Aleshores l’advocació a Sant Miquel es traslladà a l’església de Sant Pere, adossada a la catedral de Santa Maria, que a partir de llavors passarà a ser conegut com Sant Miquel de la Seu d'Urgell.