Fill d’un pare gendarme, rigorós i sever, i d’una mare cuinera. Adolescent durant l’Alemanya nazi, el seu pare l’apuntà a les Joventuts Hitlerianes en contra de la seva voluntat i, tan bon punt pogué, les abandonà i feu estudis eclesiàstics. El 1951 fou ordenat de prevere. Des del 1946 fins al 1953 feu estudis de filosofia i de teologia a la Universitat de Munic, on es doctorà el 1953. Durant els anys 1959 i 1977 exercí de professor de dogmàtica.
L’any 1962 participà en el concili II del Vaticà com a conseller de l’arquebisbe de Colònia. Fruit d’aquesta participació, fundà la revista Concilium, considerada de caràcter progressista a l’època, amb els seus amics i també teòlegs Karl Rahner, Yves Marie Congar i Hans Küng. El 24 de març de 1977 Pau VI l’ordenà arquebisbe de Munic, i el 27 de juliol, cardenal. El 1981, Joan Pau II el cridà per ocupar el càrrec de prefecte de la Congregació per a la Doctrina de la Fe. També presidí la Comissió Bíblica i la Comissió Teològica Internacional. El 1998 ocupà el càrrec de vicedegà del col·legi cardenalici, i el 2002, el de degà del Sagrat Col·legi dels Cardenals.
Durant els anys que fou prefecte de la Congregació per a la Doctrina de la Fe, a més de desenvolupar aquesta tasca i d’incrementar la seva fama de teòleg de gran talla intel·lectual, fou el puntal de Joan Pau II per assegurar una doctrina de caràcter conservador en qüestions de moral i de concepció teològica. Condemnà Hans Küng, Eugen Drewermann i Leonardo Boff, un dels màxims exponents de la teologia de l’alliberament, i també Jacques Dupuis i Tissa Balasuriya. A més, Joseph Ratzinger, en qualitat de prefecte de la Congregació per a la Doctrina de la Fe, aconsellà retallar els poders efectius de les conferències episcopals d’arreu del món, reduint la col·legialitat episcopal a unes formes més burocràtiques, a fi d’evitar que adoptessin posicions llunyanes del magisteri de Roma. Inspirador de nombrosos documents de l’anterior papat, fou el responsable de subratllar el no-reconeixement de les comunitats protestants com a esglésies en la famosa encíclica Dominus Iesus.
El 19 d’abril de 2005 fou nomenat papa en successió de Joan Pau II. A l’agost condemnà explícitament l’antisemitisme i el racisme. Publicà les encícliques Deus caritas est (2006), Spe salvis (2007) i Caritas in veritate (2009). Durant el seu papat Benet XVI feu diversos viatges (Alemanya, Polònia, Turquia) en què es reuní amb representants d’altres confessions, però les visites més destacades foren les de València (juliol del 2006), amb motiu de la Trobada Mundial de les Famílies; el Brasil (maig del 2007), on demanà deslligar la fe de les ideologies polítiques, els moviments socials i els sistemes econòmics, i criticà la despenalització de l’avortament duta a terme en alguns països llatinoamericans; Sydney (2008); Lourdes (setembre del 2008), en commemoració del 150è aniversari de l’aparició de la Mare de Déu; l’Àfrica (març del 2009), on criticà l’ús del preservatiu, i el Pròxim Orient (maig del 2009), viatge en el qual condemnà l’antisemitisme i demanà la creació d’un estat palestí, criticà l’ús de la violència i l’embargament de Gaza. Paral·lelament a una defensa aferrissada de la família tradicional i d’una moral sexual circumscrita al matrimoni, en una carta pastoral (març del 2010) lamentà els nombrosos casos de pederàstia duts a terme per sacerdots catòlics difosos sobretot des dels inicis del seu pontificat, pràctiques contra les quals es comprometé a prendre mesures. El novembre d’aquest any, en una llarga entrevista publicada en forma de llibre (Licht der Welt, ‘Llum del món’), acceptà l’ús del preservatiu en determinats casos per a evitar el contagi de la sida, declaració sense precedents atesa la taxativa oposició dels pontífexs anteriors a qualsevol mena d’anticoncepció. En el mateix llibre suggerí la possibilitat d’un nou enfocament en qüestions com ara l’abdicació dels papes o el tracte de l’Església envers els catòlics divorciats.
Amb relació als Països Catalans, aprovà les beatificacions de Josep Tàpies i sis clergues més de la diòcesi d’Urgell, morts el 1936, i la de 495 màrtirs de la Guerra Civil Espanyola, que fou aprovada el 28 d’octubre de 2007 i que esdevingué la beatificació massiva més important de la història de l’Església fins aquell moment, i la canonització de Francesc Coll i Guitart, l’octubre del 2009. El 7 de novembre de 2010, en el primer viatge a l’Estat espanyol del seu pontificat, consagrà la basílica de la Sagrada Família de Barcelona en un ofici solemne, en part del qual utilitzà el català, al costat del castellà i el llatí.
L’1 de maig de 2011 presidí la cerimònia de beatificació del seu predecessor, Joan Pau II, que ell havia impulsat, i a l’agost celebrà a Madrid una de les trobades més multitudinàries en ocasió de la Jornada Mundial de la Joventut. Aquest any es publicà la segona part del seu llibre, Jesús de Natzaret, en el qual negava explícitament que els jueus haguessin estat culpables de la mort de Jesucrist. El març de l’any següent visità Fidel Castro a Cuba, catorze anys després de la visita del seu predecessor, i demanà canvis al règim comunista. El setembre del 2012 el seu majordom personal, Paolo Gabriele, fou jutjat per haver robat i filtrat documents confidencials del Vaticà. Condemnat a presó a l’octubre, bé que al desembre el papa el perdonà, l’escàndol tingué una àmplia repercussió. El desembre del 2012 tingué ressò mundial la seva adopció de les noves tecnologies, concretament el de la missatgeria per Twitter.
L’11 de febrer de 2013 anuncià públicament la seva renúncia per al dia 28 del mateix mes, adduint que la seva avançada edat i el seu estat de salut l’incapacitaven per continuar duent a terme satisfactòriament la seva tasca al davant de l’Església catòlica. El monestir Mater Ecclesiae (Vaticà), es convertí en la seva residència fins a la seva mort. Fou succeït el 13 de març per Francesc.