L’església parroquial de Sant Joan Baptista és a la part baixa de la vila, en un indret preeminent. En el seu estat actual és un edifici gòtic de gran interès, d’una nau, absis poligonal, contraforts i voltes de creueria. L’esment més reculat de la parròquia d’Horta és de l’any 1185, en què s’arribà a un acord entre el bisbe de Tortosa i els templers sobre el repartiment dels delmes del terme. Segons aquest acord, el bisbe Ponç de Monells cedia a l’orde del Temple la tercera part del delme recollit al terme del castell d’Horta i en retenia les primícies així com la propietat de les esglésies i de tot altre dret eclesiàstic. Per a la constitució de la parròquia d’Horta i d’altres esglésies que hi poguessin haver dins el terme del castell, l’orde accedia a lliurar una cafissada de terra, on es construiria l’església i la casa del clergue i s’establiria el cementiri. En la dècima papal del 1280, hom distingeix entre el capellà de Sant Joan d’Horta, que pagà 107 sous, i el de Santa Maria d’Horta (ara Santa Maria dels Àngels), que en pagà 20, els mateixos que l’any 1279.
El bisbe de Tortosa Francesc de Paolac visità la parròquia el 1314. En aquest moment n’era rector Bernat Era i vicari Pere Revull.