La seva situació privilegiada sobre una altura que domina la vall del torrent de Femosa afavorí el fet que Juneda es convertís en una de les defenses més orientals de la taifa de Lleida. Les fonts no ens parlen del castell fins que ja era a mans dels senyors feudals. L’esment més antic del castell i el lloc de Juneda es troba al testament sacramental de Guillem Dalmau de Cervera, senyor del lloc, de l’any 1133, en el qual féu donació del castell de Juneda al seu nét Pere en alou, de la mateixa manera que el tenia pel comte. El castell i terme de Juneda acabà, però, a mans del germà de Pere, Guillem III de Cervera, que en el seu testament de 1173 llegà Juneda al seu fill Guillem.
Juneda fou dels Cervera fins a l’inici del segle XIII. Llavors passà als vescomtes de Vilamur i, el 1386, als Cardona. Pràcticament sense gaires interrupcions, els Cardona conservaren el domini sobre Juneda, com a vescomtes de Vilamur, fins a l’extinció de les senyories al segle XIX.
Actualment no es conserven vestigis de l’antic castell de Juneda al nucli antic de la població.