Aquesta església, parròquia del poble de Fondarella, va pertànyer en un primer moment al bisbat de Vic i al final del segle XVI passà al bisbat de Solsona, on encara roman. La parròquia de Fondarella és esmentada per primera vegada en una relació de parròquies del bisbat de Vic de la primera meitat del segle XII. Guillem d’Anglesola, senyor del lloc, inicià l’any 1252 tot un seguit de plets contra el bisbe de Vic sobre el dret de patronat d’algunes esglésies, entre les quals hi havia la de Fondarella. El rector de Fondarella contribuí amb 45 sous a la dècima papal de l’any 1279 i amb 37 a la del 1280.
Al final del segle XVI, en crear-se el bisbat de Solsona, la parròquia de Fondarella fou annexada a la nova diòcesi. La documentació parroquial conservada a l’Arxiu Diocesà de Solsona consigna que l’església de Sidamon era llavors una sufragània de la de Santa Maria de Fondarella, segurament a causa del procés de despoblament que aquell lloc patí al final de l’edat mitjana.
L’actual església parroquial de Fondarella és un edifici bastit al segle XVI.