A l’extrem de llevant del nucli antic de la vila de Sant Pau de Fenolhet, prop de “lo Capítol”, s’alça l’església parroquial de Sant Pèire i Sant Pau. D’aquest temple, malauradament, ens n’han pervingut escasses notícies documentals. Com sol ésser freqüent en les poblacions originades a redós d’un monestir benedictí, com és el cas de Sant Pau de Fenolhet, l’església parroquial era un edifici diferent de l’església abacial, la pròpia del monestir i per a l’ús exclusiu dels monjos. En aquest sentit, cal pensar, doncs, que des d’antic coexistiren dins la vila dues esglésies, l’abacial I la parroquial, la qual solia dependre del mateix monestir. Hom podria pensar que aquesta primitiva parròquia estigué situada al costat de l’abadia I fou dedicada també a sant Pau; probablement, procedent d’aquesta parròquia originària prové la làpida sepulcral de Joan de Noedes, datada l’any 1307, en la qual es diu que era “rector de l’església de Sant Pau”, i que ara es conserva en el mur sud de l’actual parròquia, prop de la porta d’entrada.
Segons consta en una altra inscripció situada damunt la porta d’entrada de l’església parroquial actual, aquesta es començà a construir al maig de l’any 1313 i es dedicà a sant Pèire (“ANNO DOMI-NI M CCC XIII II IDUS MADII FUIT INCEPTA ECCLESIA SANCTI PETRI APOSTOLI”). L’any 1410 aquesta parròquia fou unida a l’església del capítol. Posteriorment, el 1542, un incendi la deixà força malmesa; tanmateix tornà a ésser reconstruïda aprofitant-ne les restes i les parts inferiors dels murs; durant aquesta reconstrucció, obrada entre el 1661 i el 1667, els murs van ésser sobrealçats i les antigues finestres (cinc al mur de migdia) foren tapiades. Se n’obriren de noves a un nivell força més alt i l’edifici fou ornat amb una notable decoració.
Així doncs, hom pot pensar que hi hagué una primitiva parròquia, la qual fou substituïda per l’actual, que es començà a construir, com ja s’ha dit, l’any 1313. Existeix encara una altra possibilitat, potser més remota: que la nova parròquia es construís sobre la fonamentació de l’església parroquial anterior un cop enderrocada, i per tant que no es tractés de dos edificis situats en llocs diferents, sinó en un mateix indret; si fos així, potser s’explicaria la doble advocació de la parròquia actual, els titulars de la qual són sant Pere i sant Pau.