Aquesta església fou la capella del castell convent de l’orde de Sant Jordi d’Alfama, de la qual prengué el nom. Era situada on s’ha localitzat fa pocs anys el castell, arran de mar, entre les urbanitzacions les Tres Cales i Sant Jordi d’Alfama, al costat d’un fortí del segle XVIII. L’església es construí després que el rei Pere I concedís el 1201 als fundadors de l’orde el lloc desert d’Alfama perquè hi contruïssin una casa hospital o convent en honor de sant Jordi. Els frares de l’orde seguien la regla de Sant Agustí. El 1205 Pere de Vespella féu una deixa testamentària a Sant Jordi d’Alfama. Entre els qui contribuïren a les dècimes papals dels anys 1279 i 1280 al bisbat de Tortosa figura el comanador de Sant Jordi. Segons un inventari del castell de Sant Jordi d’Alfama de l’any 1576, l’església de Sant Jordi donava al claustre del convent.