No és segur que aquesta església existís abans del 1300. Únicament el fet que el castell i el lloc de Rodonyà surtin amb tota seguretat documentats a partir del 1310 permet pensar que fou bastida abans del segle XIV. Potser fou en origen la capella del castell.
Al final del segle XV Sant Joan de Rodonyà era sufragània de la parròquia de Sant Bartomeu de Puigtinyós, dins el bisbat de Barcelona. Més endavant consta com a sufragània de la parròquia de Vila-rodona, de la qual es desvinculà a la primera meitat del segle XIX. L’actual temple és un edifici neoclàssic aixecat al segle XVIII.