Aquesta església presideix el poble de Matamala, a la riba esquerra de l’Aude. Si bé el lloc de Matamala és documentat des de l’any 965, en el testament del comte Sunifred II de Cerdanya-Besalú, que donà a l’abadia de Cuixà Matamala, cum villis et villarunculis suis, el primer esment de l’església parroquial de Matamala és, en canvi, molt més tardà: de l’any 1413. Aquest any Joan de Berques, estudiant de dret, designà procuradors per prendre possessió, en el seu nom, de la rectoria de l’església parroquial de Sant Pere de Matamala, aleshores pertanyent a la diòcesi d’Alet.
Per la manca de notícies antigues se suposa que l’església de Matamala es construí en època tardana (al segle XIII o potser al segle següent).