L’actual església parroquial del poble de Benissanet, dedicada a sant Joan Baptista, fou edificada després del 1939 al mateix lloc que ocupava un temple anterior del segle XVIII. Aquest, alhora, era el successor d’una església anterior. El lloc de Benissanet és documentat per primera vegada l’any 1153, en la donació del castell de Miravet a l’orde del Temple. La parròquia de Benissanet podria tenir els seus precedents en una mesquita lliurada pels sarraïns després de la conquesta i que és consignada en una concòrdia entre el bisbe de Tortosa i el mestre del Temple datada entre els anys 1153 i 1158.