L’any 1378 se celebrà a Roma un conclave per a escollir el successor del papa Gregori XI, ciutat a la qual la cúria pontifícia havia volgut retornar després del llarg període d’estada a Avinyó. L’elecció recaigué en l’italià Urbà VI, que es demostrà molt poc hàbil per a pacificar les tensions entre els cardenals. Tretze d’aquests cardenals que havien participat en l’elecció, tots els francesos, tres d’italians i l’aragonès Pedro de Luna, es van retirar a Fondi i, després de declarar que l’elecció d’Urbà VI havia estat coaccionada pel poble de Roma, que exigia un papa de la ciutat, van elegir papa el francès Robert de Ginebra, que prengué el nom de Climent VII i que s’instal·là a Avinyó. L’existència simultània de dos papes produí el cisma de la cristiandat, ja que cada país, després d’estudiar el cas, donà l’obediència al papa que li semblà més legítim. El conflicte durà trenta-nou anys i es resolgué mitjançant el concili de Constança, que deposà els papes existents i en nomenà un de concòrdia. En tots dos sectors hi hagué sants i beats, com la romana santa Caterina de Siena i el valencià sant Vicent Ferrer. La divisió dels estats en l’una o l’altra obediència repercutí en els ordes religiosos, especialment els ordes centralitzats, que també es dividiren en dos sectors amb generals o mestres duplicats.
A la corona catalanoaragonesa, el rei Pere el Cerimoniós es declarà neutral, actitud que li serví per a congelar els pagaments de dècimes i altres rendes de la cambra apostòlica i administrar-les ell mateix. La relativa “indiferència” del rei provocà una situació d’interinitat en els càrrecs eclesiàstics que quedaven vacants. Per exemple, Ènnec de Vallterra, designat arquebisbe de Tarragona pel papa d’Avinyó l’any 1380, no en pogué prendre possessió fins al 1387, un cop mort el rei. Pel mateix motiu, Jaume d’Aragó o de Prades, que era bisbe de Tortosa (1369-96), no pogué acceptar el capel cardenalici, que li havia estat ofert per Urbà VI, perquè significava acceptar la legitimitat del papa de Roma; després de la mort del rei, acceptà el nomenament de Climent VII.
La major part de la clerecia dels seus regnes era partidària del papa d’Avinyó, llevat del bisbe de la Seu d’Urgell, Berenguer d’Erill, i del prior de Montserrat, fra Vicenç de Ribes, que el 1408 rebé el capel cardenalici del papa de Roma Gregori XII. També eren partidaris del papa d’Avinyó els seus mateixos fills, Joan i Martí. Per això, tan bon punt Joan I succeí el seu pare, l’any 1387, abandonà la política d’indiferència i donà l’obediència dels seus regnes al papa d’Avinyó. El suport fou més cordial encara quan, a la mort de Climent VII, l’any 1394, fou elegit papa el cardenal d’Aragó Pedro de Luna, amb el nom de Benet XIII; era parent de Maria de Luna, esposa de Martí l’Humà, que el 1396 esdevingué rei en morir el seu germà Joan I.
Malgrat que abans i després de ser elegit papa Benet XIII s’havia compromès a facilitar la fi del cisma mitjançant la via de cessió, és a dir, la renúncia a la tiara, hi oposà tota mena d’obstacles quan els reis de França, d’Anglaterra i de Castella començaren a pressionar-lo, l’any 1397, perquè hi renunciés. Buscà el suport del rei Martí l’Humà, que llavors tornava de Sicília i que el visità a Avinyó. La visita alarmà la ciutat de Barcelona, que temia que, per raons de seguretat, el papa volgués refugiar-se als estats de la corona catalanoaragonesa i envià missatgers al rei perquè no ho acceptés, argumentant que dificultaria la fi del cisma i que provocaria l’enemistat amb França.
L’any 1398, França, Castella i Navarra van abandonar la causa de Benet XIII i també ho van fer els cardenals. A més, el palau papal a Avinyó fou assetjat i atacat. Martí l’Humà, que per via diplomàtica havia intentat d’ajudar Benet XIII, es decidí a trametre-li finalment l’ajut de l’armada valencianomallorquína que acabava de fer un raid contra Barbaria. Els vaixells no van poder remuntar el Roine per excés de calat, però estamordiren els revoltats, que van abandonar el setge. Malgrat això, el papa continuà durant quatre anys tancat al palau d’Avinyó.
L’any 1403 la situació internacional començà a millorar per a Benet XIII; tant a França com a altres llocs hi havia pressions per a retornar l’obediència a Benet XIII, atès que la sostracció no havia donat resultat, perquè els països obedients a Roma no havien seguit l’exemple. Llavors el papa Luna es decidí a fer un cop d’efecte teatral i fugi d’Avinyó, disfressat de cartoixà, acompanyat per Francesc d’Aranda, el seu metge mallorquí Francesc Ribalta i el seu cubiculari Joan Romaní. Fora del palau l’esperaven Francesc de Blanes, Joan de Vallterra i Jaume de Prades, que el portaren a Castellrenard (Provença), als dominis de Lluís II d’Anjou. Poc després, els cardenals, els avinyonesos i els reis de França i de Castella reconeixien novament la seva autoritat. Fracassada la via de cessió, Benet XIII assajà la via de convenció. Vaixells catalans el portaren de Marsella a Itàlia, l’any 1405, perquè s’entrevistés amb el papa de Roma i arribessin a un acord. La trobada no se celebrà, però dels contactes dels dos col·legis cardenalicis nasqué la idea d’abandonar ambdós papes i de convocar un concili, que els deposaria i n’elegiria un altre, únic per a tota la cristiandat. Els cardenals rebels a tots dos papes van convocar, l’any 1409, el concili de Pisa, que elegí papa Alexandre V, però com que cap dels altres dos no renuncià el càrrec, de dos papes hom passà a tenir-ne tres.
Benet XIII s’havia avançat a convocar també un concili de la seva obediència, que es reuní a Perpinyà entre el 1408 i el 1409, i en el qual se li demanà que renunciés la tiara si ho feia també el seu rival. Després del concili, ja no tornà a Avinyó, perquè el rei de França li havia retirat definitivament l’obediència, i s’instal·là a Barcelona, al Palau Reial, cedit pel rei Martí.
Des de llavors, el seu objectiu fou conservar l’adhesió dels regnes hispànics i per això intervingué de manera decisiva en els plans per a la successió de Martí l’Humà. Va sostenir el monarca en el propòsit de legitimar Frederic, fill natural de Martí el Jove, però el rei morí, l’any 1410, abans que ho pogués fer. Llavors el candidat de Benet XIII va ser Ferran d’Antequera, que li podia garantir l’adhesió de Castella, d’on era regent, i la de la corona catalanoaragonesa. La idea de solucionar la qüestió successòria en una mena de conclave on uns compromissaris elegirien el rei, fou seva i procurà que quatre dels compromissaris reunits a Casp fossin gen seva: Vicent Ferrer, confessor i conseller seu; Bonifaci Ferrer, germà de l’anterior; Domènec Ram, bisbe d’Osca, Francesc d’Aranda, donat de Portaceli i servidor seu.
Però Ferran I, elegit a Casp, no resultà tan fidel com el papa havia suposat. Sota la pressió internacional, i després de l’entrevista amb l’emperador Segimon, l’any 1415, en la qual Benet XIII es negà novament a abdicar, el rei li retirà l’obediència. Vicent Ferrer, un dels seus partidaris més addictes, s’encarregà de proclamar-ho.
Benet XIII es retirà llavors a Peníscola i envià una butlla a totes les diòcesis censurant el rei i posant en entredit tots els llocs on es publiqués la sostracció d’obediència.
A Barcelona es produïren moments de gran tensió. La clerecia i el poble es van dividir en bàndols contra el rei o contra el papa; els partidaris del papa publicaren l’entredit en les esglésies que tenien confiades, però el poble reaccionà en contra i s’amotinà cridant “muyran los capellans e sien robats”; el governador de Catalunya hagué d’acudir ràpidament a la ciutat; amenaçà amb la pena de mort els que publiquessin l’entredit i ocupà els béns de la cambra apostòlica i els de Benet XIII. Felip de Malla hagué de predicar la sostracció d’obediència, per encàrrec del rei. El seu sermó a la catedral provocà l’hostilitat del clero i del poble, ja que hom atribuïa la seva actitud al fet que Benet XIII no l’havia nomenat bisbe.
El concili de Constança, que s’havia reunit des del 1414 per tal d’aconseguir la unitat de l’Església, envià, l’any 1417, una ambaixada a Benet XIII per a obtenir-ne l’abdicació. Com que s’hi negà, el concili el deposà i escollí papa Martí V. Benet XIII respongué declarant heretges tots els reunits a Constança.
L’elecció del papa Martí V va caure com una bomba a terres catalanes, on molts bisbes havien estat nomenats per Benet XIII i li eren favorables, però davant la nova situació, molts el van acceptar per egoisme o convenciment i quan el legat de Martí V va visitar els regnes catalanoaragonesos, li van prestar obediència i van ser ratificats en els càrrecs.
El bisbe de Barcelona, Andreu Bertran, que havia estat almoiner de Benet XIII, acudí a Peníscola per aconsellar-li que renunciés, però no ho aconseguí. Benet XIII es quedà sol. Des del 1416 l’havien abandonat, per ordre del rei, els cortesans i el 1417 ho van fer els cardenals. Però, abans de morir, l’any 1422, Benet XIII creà quatre nous cardenals i els feu prometre que elegirien un successor, cosa que efectivament van fer en la persona del canonge valencià Gil Sanxis Munyós, que prengué el nom de Climent VIII. Aquest fet motivà la legació del cardenal Pere de Foix, que reuní un concili a Tortosa, el 1429, per liquidar les restes del cisma. El valencià Alfons de Borja, després papa Calixt III, negocià la renúncia al papat de Gil Sanxis Munyós, que en compensació rebé el bisbat de Mallorca.