A l’edat mitjana la Secuita no constituí una unitat individualitzada, sinó que formava part del territori del Codony-Montoliu. Durant els primers temps de la colonització del Camp de Tarragona, al segle XII, una gran part de les terres del terme de la Secuita foren encomanades al cavaller Guillem de Claramunt perquè poblés el lloc mitjançant establiments agraris i alhora hi bastís un castell. Amb el temps, la Secuita estigué sota la senyoria compartida entre l’arquebisbe i el monestir de Santes Creus, els quals es repartiren els drets.
Una de les primeres referències de la seva església data del 6 de desembre de 1279, quan l’arquebisbe Bernat d’Olivella donà permís als homes de la Secuita per a construir en el seu poble una capella en honor de Santa Maria i la subjectà a l’església parroquial de Sant Pere del Codony. El prelat autoritzava, a més, que en aquesta capella es poguessin celebrar baptismes, noces i d’altres sagraments, i, ultra això, els atorgà permís per a tenir fossar propi.
Davant dels perills que representava l’existència de l’església de Sant Pere de Codony en un lloc despoblat, el 26 de febrer de 1726, l’arquebisbe Manuel de Samaniego y Jaca ordenà el trasllat del rector a la Secuita o a la Pobla de Mafumet; el rector trià la Secuita i la seva església de Santa Maria es convertí en vicaria. Aquesta era integrada per la mateixa població i pels veïnats de Tapioles, els Masos i Vistabella, tots els quals formaven part de la senyoria de Santes Creus.
En l’edifici actual són perceptibles restes del segle XIV en l’embigat, la nau de factura protogòtica original i les reformes del segle XVIII. Segons l’inventari del 1933, l’altar major fou construït l’any 1775. L’església fou incendiada l’any 1936.
Al Museu Diocesà de Tarragona es conserva un retaule de la Mare de Déu amb l’Infant procedent d’aquesta església, obra de l’anomenat Mestre de la Secuita (1425-40).