L’església d’Alforgia apareix esmentada per primera vegada en la butlla del papa Anastasi IV de l’any 1154 adreçada a l’església de Tarragona. En un primer moment, la parròquia d’Alforja estigué dedicada a santa Maria. Això s’entreveu d’un document de 1158, pel qual Ramon Berenguer IV va fer donació a Ramon de Ganegot del lloc de Santa Maria d’Alforja, amb la vall anomenada d’Alforja. Novament es parla de l’església d’Alforga el 1194, en la butlla del papa Celestí III. En les dècimes del 1279 i el 1280 el rector d’Alforgia o d’Alfurgia satisfeu 150 sous, la qual cosa demostra la importància de la parròquia i la vila d’Alforja en aquells moments.
El darrer testimoni documental que esmenta Santa Maria com a titular de la parròquia és de l’any 1212. En un document del 1245 hom ja parla de “la parròquia de Sant Miquel d’Alforja, al Tascal”. Aquest canvi de patronatge fou definitiu.
L’església d’Alforja, al final del segle XV, era de col·lació de l’arquebisbe. Foren esglésies sufragànies d’Alforja Santa Maria de les Borges i Sant Pere de Riudecols, amb les esglésies de les Irles i les Voltes. També sembla que fou annexa Santa Maria de Cortiella. Una butlla apostòlica del papa Pius V, amb data de 20 de juny de l’any 1567, integrà la rectoria d’Alforja i les seves esglésies sufragànies a la comunitat de beneficiats de la vila d’Alforja.
L’edifici actual es feu al segle XVII en dues etapes. La primera, començada l’any 1614, segurament finalitzà l’any 1637, tal com es veu en un dels carreus de la paret exterior del temple, on es llegeix “30 de Agost de 1637”. La segona etapa sembla que s’inicià el 1671 i acabà el 1677, segons es llegeix a les portes de la sagristia. Fins el 1936 es conservà a l’església una imatge de la Mare de Déu, coneguda amb el nom de “la Velleta”, asseguda, amb el Nen al genoll esquerre, tallada en pedra, de mitjan segle XIV.