El primer esment segur del lloc de Botarell és de l’any 1173, en la donació d’Alforja feta per l’arquebisbe Guillem de Tarroja a Ramon de Ganegot. Segons aquest document, el terme d’Alforja limitava a ponent in termino Botarelli. Malauradament, no es tenen referències de l’església de Botarell fins molt a les acaballes de l’edat mitjana, bé que sembla molt probable que es construís abans del 1300. Al final del segle XV era de col·lació de l’arquebisbe de Tarragona.
L’edifici actual es bastí entre els anys 1617 i 1622.