El primer esment del lloc de Capafonts s’ha de cercar en la carta de poblament que el comte Ramon Berenguer IV va atorgar als habitants de Prades el 1159. Segons aquest document, el terme de Prades afrontava a migdia, en part, amb el terme de Capafonts. La notícia més antiga sobre l’església parroquial de Capafonts és del final del segle XIII. L’any 1279, el rector de Capafonz pagà 24 sous i 10 diners en concepte de dècima papal, i l’any següent 19 sous i 4 diners.
L’església de Capafonts, al final del segle XV, era de col·lació de l’arquebisbe. Fou església sufragània de Capafonts la de Sant Esteve de la Febró.
Segons l’inventari del 1924, l’església actual començà a bastir-se l’any 1800 i s’acabà el 1820. Tot i això, la dovella de la porta principal duu la data del 1793. Tanmateix, la visita pastoral efectuada per l’arquebisbe Mon i Velarde l’any 1805 encara es feu en l’església vella. En l’església parroquial de Capafonts es conservà fins el 1936 la talla del segle XV de la Mare de Déu de Barrulles, d’alabastre policromat, procedent de l’ermita del mateix nom. En l’actualitat l’església de Capafonts és posada sota l’advocació específica de l’Assumpció de Santa Maria.