L’actual Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles ocupa un edifici conegut amb el nom de la Pia Almoina. Comprèn dues cases romàniques dels segles XI i XII, que foren unides en una de sola a la primeria del segle XIV, per tal que fos la seu del consell de la vila, que acabava d’ésser creat. Alhora, s’instal·là al mateix edifici la casa de la caritat de Banyoles, d’on li ve el nom de Pia Almoina. Aquesta institució, fundada el 1306 per Guillem Reixac, es dedicava a la distribució gratuïta d’aliments als pobres, i perdurà fins a la desamortització del 1833. L’edifici fou la casa de la vila fins al 1928, en què l’ajuntament fou traslladat. S’habilità en principi com a escola d’arts i oficis; finalment, l’any 1943, l’ajuntament el cedí a l’acabat de crear Museu Arqueològic Comarcal de Banyoles.